员工请假三天，企业应按照以下步骤处理，同时需确保符合法律法规及内部规章制度：

1. 核实请假原因与类型
   首先需确认员工请假的原因（如病假、事假、年假、婚假等）及类型。不同假期的处理方式不同：

   • 病假：需员工提供医疗机构出具的病假证明（如诊断书、病假条），企业应按当地规定支付病假工资（通常为正常工资的60%-100%，具体比例需参照地方性法规）。
     
   • 事假：企业可自主决定是否批准，若批准，通常不支付事假期间工资；若未批准而员工擅自离岗，可能构成旷工，企业可依据规章制度处理。
     
   • 年假/婚假等法定假期：企业应依法批准，并支付正常工资。
     

2. 审查内部规章制度
   企业需依据《劳动合同法》及地方性法规，制定明确的请假流程（如提前申请、审批权限、证明材料要求等），并通过民主程序（如职工代表大会）公示或告知员工。若员工未按规定流程请假，企业可拒绝批准或按旷工处理。

3. 审批与记录

   • 审批：根据请假类型及企业制度，由直接上级或人力资源部门审批。若涉及长期病假或特殊假期（如产假），需进一步核实材料合法性。
     
   • 记录：在员工考勤系统中准确记录请假起止时间、类型及审批状态，作为工资核算及纠纷处理的依据。
     

4. 工资与福利处理

   • 工资扣除：根据请假类型决定是否扣减工资。例如，事假通常无薪，病假按比例支付，年假/婚假需全额支付。
     
   • 社保与公积金：请假期间企业仍需为员工缴纳社保及公积金，个人部分由企业代扣代缴。
     

5. 特殊情况处理

   • 连续请假超三天：若员工连续请假三天以上（如病假），企业可要求其提供更详细的医疗证明，或安排家访核实情况（需征得员工同意）。
     
   • 虚假请假：若发现员工伪造证明或虚构理由请假，企业可依据规章制度给予警告、扣薪甚至解除劳动合同（需确保制度中明确规定此类情形为严重违纪）。
     

风险提示：企业处理请假时需避免以下行为：

• 强制要求员工用年假冲抵病假（除非员工同意）；
  
• 以“未提前申请”为由拒绝批准法定假期（如婚假、产假）；
  
• 未按比例支付病假工资或擅自停缴社保（可能引发劳动仲裁）。
  

若企业未依法处理请假事宜，员工可能以“未及时足额支付劳动报酬”或“未依法缴纳社保”为由提出被迫解除劳动合同，并主张经济补偿。建议企业定期梳理请假制度，确保合规性。如有具体案例或地方性法规疑问，可直接向我咨询。