针对员工请假90天的处理方式，需结合请假类型、公司制度及法律法规综合判断，具体处理方案如下：

1. 区分请假类型

   • 病假：若员工提供三甲医院出具的《病假建议书》，企业需按《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》给予医疗期（根据工龄，3-24个月不等）。医疗期内不得解除劳动合同，工资按当地最低工资80%或约定比例支付。
     
   • 事假：企业可自主决定是否批准。若批准，通常无薪；若拒绝，员工坚持缺勤可按旷工处理（需在规章制度中明确旷工后果，如扣薪、解除合同等）。
     
   • 其他假期：如产假（女职工158天）、陪产假（各地7-30天不等）、育儿假（子女3岁前每年5-15天）、工伤假等，需按《女职工劳动保护特别规定》《工伤保险条例》等专项法规处理。

2. 核查公司制度合法性

   • 规章制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论）并公示，否则对员工无约束力。
     
   • 制度中关于“长期请假审批流程”“旷工认定标准”“解除合同条件”等条款需符合《劳动合同法》第4条、第39条等规定，避免因“程序违法”或“内容违法”被认定无效。

3. 分情况处理建议

   • 若为合法病假：
     
     • 核实医疗证明真实性（如要求到指定医院复检）。
       
     • 医疗期满后仍不能工作，可提前30日书面通知或额外支付1个月工资后解除合同，并支付经济补偿金（N倍月薪）。
       
   • 若为事假或旷工：
     
     • 累计旷工达公司制度规定的“严重违纪”标准（如连续3天或全年5天），可解除合同且无需支付补偿。
       
     • 需注意：部分地区（如天津）规定，员工事假累计20天以上且不扣工资的，不享受当年年休假，企业可据此调整福利。
       
   • 若为特殊假期：
     
     • 如产假遇法定节假日顺延，企业不得扣减假期天数。
       
     • 育儿假需按子女实际年龄计算，企业不得以“工作繁忙”为由拒绝。

4. 风险防范要点

   • 避免“一刀切”拒绝请假，需根据员工实际困难（如重病、家庭变故）协商解决方案（如调岗、停薪留职）。
     
   • 处理前需书面通知员工（如发送《请假审批表》《违纪警告函》），保留送达证据（如员工签字、EMS回执）。
     
   • 解除合同需经工会或职工代表同意（国企/集体企业必备程序），并出具《解除劳动合同通知书》明确理由。

提示：具体操作需结合员工工龄、请假原因、公司制度及地方性法规（如《江苏省工资支付条例》对病假工资有更高要求）综合判断。若有复杂情形（如疑似虚假病假、涉及工伤认定争议），可进一步向我说明细节，我会提供针对性方案。