结论：在房屋拆迁中，若父亲代儿子签订了安置协议，但儿子事后不认同，该协议的效力及后续处理需根据具体情况来判断。以下是从不同角度进行的分析：
一、协议效力判断
代理权限问题：
- 若父亲在代签协议时，拥有儿子的明确授权（如书面授权委托书），则该协议对儿子具有法律约束力，儿子事后不认同可能难以推翻协议效力。
- 若父亲未经儿子授权或超越授权范围代签协议，则该协议可能构成无权代理。根据《民法典》的相关规定，无权代理签订的合同，未经被代理人追认，对被代理人不发生效力。在此情况下，儿子有权不认同该协议。
协议内容合法性：
- 即使父亲拥有代签权限，若协议内容存在违法、违规或显失公平等情形，儿子仍有权主张协议无效或可撤销。例如，若协议中的补偿标准明显低于市场价值，或存在欺诈、胁迫等情形，儿子可以依法寻求救济。
二、后续处理建议
协商沟通：
- 儿子可以首先尝试与拆迁方进行协商沟通，表达自己对协议的不认同，并寻求双方都能接受的解决方案。协商过程中，可以要求拆迁方提供协议签订的合法依据、补偿标准等相关资料，以便更好地了解情况。
法律途径：
- 若协商无果，儿子可以考虑通过法律途径解决争议。具体来说，可以依据《民法典》中关于代理、合同效力等规定，向法院提起诉讼，请求确认协议无效或撤销协议。在诉讼过程中，需要提供充分的证据证明父亲代签协议时未经授权或协议内容存在违法情形。
- 同时，也可以考虑向当地拆迁管理部门或相关政府部门投诉举报，请求相关部门介入调查并处理争议。
注意时效问题：
- 在寻求法律救济时，儿子需要注意时效问题。根据《民法典》的规定，撤销权等权利的行使通常受到一定期限的限制。因此，在发现协议存在问题后，应尽快采取行动，以免错过时效期限。
三、特殊情况考虑
若儿子为未成年人或限制民事行为能力人：
- 在此情况下，父亲作为法定代理人代签协议通常具有法律效力。但若儿子事后对协议内容提出异议，且能够证明父亲代签行为损害了其合法权益（如补偿标准过低等），则可以通过法律途径寻求救济。
若协议涉及家庭共同财产：
- 若拆迁房屋属于家庭共同财产，且父亲代签协议时未经其他家庭成员同意或授权，则该协议可能对其他家庭成员不产生法律效力。在此情况下，其他家庭成员也有权对协议提出异议并寻求法律救济。
最后建议：针对您所描述的情况，我建议您首先与拆迁方进行协商沟通，了解协议签订的具体情况和补偿标准等关键信息。若协商无果或您认为协议存在违法情形，可以及时咨询专业律师（即我本人，王晓芳律师，专注于婚姻家庭、合同纠纷领域），以便更好地维护自己的合法权益。