公司一般无权直接对合作方罚款，但在特定情形下可通过合同约定实现类似效果。以下从不同角度展开分析：

1. 法律层面：罚款权属于行政机关专属权力
   根据《行政处罚法》规定，罚款是行政机关对违法行为实施的制裁措施，具有强制性、单方性和惩罚性。企业作为平等民事主体，不享有行政处罚权，因此不能以“罚款”名义直接处罚合作方。若公司单方面实施罚款，可能被认定为无效条款或面临合作方反诉。

2. 合同层面：可通过违约金条款实现类似目的
   虽然不能直接罚款，但双方可在合同中约定违约金条款。例如：

   • 约定“若合作方逾期交货，需按合同金额的5%支付违约金”；
     
   • 约定“若违反保密义务，需赔偿10万元损失”。
     此类条款本质是预先约定的损害赔偿计算方式，只要不显失公平（如违约金过高可请求法院调整），通常会被法院支持。

3. 实践操作建议

   • 明确违约情形：在合同中详细列举触发违约金的具体行为（如质量不达标、延迟履行等），避免模糊表述。
     
   • 合理设定金额：违约金需与实际损失相当，过高部分可能被法院调减，过低则可能无法弥补损失。
     
   • 保留证据：若合作方违约，需及时固定证据（如沟通记录、检测报告等），以支持违约金主张。
     
   • 优先协商：发生争议时，建议先通过补充协议、书面催告等方式协商解决，降低诉讼成本。

示例：若合作方未按约定时间交付货物，公司可依据合同“逾期交货每日按合同总额0.1%支付违约金”的条款，要求对方支付违约金，而非直接“罚款”。

如有具体合同条款或纠纷场景，可进一步向我咨询，我会结合细节提供针对性建议。