企业单位一般无权直接对合作企业罚款，但在特定条件下可通过合同约定实现类似效果。以下从不同角度展开分析：

1. 法律权限角度
   根据《行政处罚法》规定，罚款属于行政处罚权，仅能由法律授权的行政机关（如市场监管局、税务局等）行使。企业作为民事主体，不具备行政处罚权，因此无权单方面制定罚款规则并强制执行。若企业擅自罚款，可能构成《民法典》中的“无效格式条款”或“滥用市场支配地位”（若符合反垄断法情形）。

2. 合同约定角度
   若双方在合作合同中明确约定了违约金条款或损害赔偿计算方式，则企业可依据合同要求违约方支付约定金额。例如：

• 合同约定“延迟交货每逾期一日支付合同总价0.1%的违约金”；
  
• 约定“因质量问题导致损失按实际损失的120%赔偿”。
  此类条款需符合《民法典》第585条要求：
  
  • 违约金不得过分高于实际损失（通常不超过30%）；
    
  • 赔偿范围以填补损失为原则，不得包含惩罚性内容（除非法律明确允许，如《消费者权益保护法》中的欺诈赔偿）。

1. 特殊行业例外
   部分行业通过部门规章或行业规范赋予企业一定管理权，例如：
   

• 电商平台依据《电子商务法》对违规商家扣分、限制经营；
  
• 行业协会对会员企业违反行规的行为实施“行业惩戒”（如通报批评、取消会员资格）。
  但此类措施需以法律授权或行业自治规则为前提，且不得超出必要限度。

实务建议：

1. 若需约束合作方行为，建议通过违约金条款或赔偿计算标准实现，避免使用“罚款”等表述；
   
2. 约定金额需与预期损失匹配，保留实际损失的计算依据（如发票、鉴定报告）；
   
3. 定期审查合同条款，确保符合《民法典》及行业监管要求。
   

如有具体合同文本或纠纷场景，可进一步向我提供细节，我将协助分析条款效力及风险应对方案。