结论：施工方施工不规范，开发商能否直接从工程款里扣除处罚款项，这并非一个简单的是非问题，而是需要根据具体情况，特别是合同中的相关约定以及相关法律法规的规定来综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 合同约定角度：

   • 有明确约定：如果开发商与施工方在合同中明确约定了施工方施工不规范时，开发商有权直接从工程款中扣除相应款项作为处罚，那么这种约定是合法有效的。在此情况下，开发商可以直接依据合同约定进行扣除。
   • 无明确约定：如果合同中没有明确约定此类处罚方式，开发商则不能直接单方面从工程款中扣除款项。此时，开发商需要与施工方进行协商，或者通过其他合法途径（如诉讼、仲裁等）来主张自己的权益。

2. 法律法规角度：

   • 合法性审查：即使合同中有相关约定，开发商在扣除款项时也需要确保该约定不违反法律法规的强制性规定。例如，如果扣除的款项数额过高，可能构成对施工方的不公平对待，甚至可能涉及违法扣款的问题。
   • 程序合规性：开发商在扣除款项前，应当确保已经按照合同约定的程序进行了通知、警告等前置程序，并且给予了施工方合理的改正期限。如果程序不合规，施工方有权提出异议并要求返还被扣除的款项。

3. 实际操作建议：

   • 完善合同条款：为了避免此类纠纷的发生，开发商在与施工方签订合同时，应当尽可能完善合同条款，明确约定施工方施工不规范时的处罚方式、扣除款项的计算方法等。
   • 及时沟通协商：在施工过程中，如果发现施工方存在不规范行为，开发商应当及时与施工方进行沟通协商，明确问题所在并提出整改要求。如果施工方拒绝整改或整改不到位，开发商再考虑采取扣除款项等处罚措施。
   • 保留证据材料：在采取任何处罚措施前，开发商应当确保已经收集并保留了充分的证据材料，以证明施工方存在不规范行为以及该行为给开发商造成的损失。这些证据材料在后续可能发生的纠纷中将起到至关重要的作用。

总结与启示：施工方施工不规范时，开发商能否直接从工程款里扣除处罚款项，取决于合同中的相关约定以及相关法律法规的规定。因此，在实际操作中，开发商应当注重合同条款的完善、及时沟通协商以及证据材料的保留等方面的工作，以确保自己的权益得到充分保障。如果您在建设工程领域遇到任何法律问题或困惑，欢迎直接向我咨询。