结论前置：

1. 若合同有明确约定且合法，甲方一般能直接从开过票的工程款中扣除罚款；
2. 若合同无约定或约定违法，甲方不能直接扣除罚款。

详细分析：

1. 合同有明确约定且合法的情况：

   • 在工程合同中，如果双方明确约定了甲方有权对乙方进行罚款，并且该罚款条款不违反法律法规的强制性规定（例如，罚款金额合理，不构成对乙方的不当惩罚或剥夺其合法权益），那么甲方在乙方违约或未达到合同要求时，有权按照合同约定从已开具发票的工程款中直接扣除罚款。
   • 这种情况下，扣除罚款的行为是基于双方自愿达成的合同条款，具有法律约束力。但甲方在扣除罚款时，应当确保扣除的金额与合同约定的罚款金额一致，并且应当及时通知乙方，以便乙方了解并确认扣除情况。

2. 合同无约定或约定违法的情况：

   • 如果工程合同中没有明确约定甲方有权对乙方进行罚款，或者罚款条款违反了法律法规的强制性规定（例如，罚款金额过高，构成对乙方的不当惩罚），那么甲方无权直接从已开具发票的工程款中扣除罚款。
   • 在这种情况下，如果甲方擅自扣除罚款，可能构成对乙方的违约或侵权行为，乙方有权要求甲方返还被扣除的款项，并可能要求甲方承担因此造成的损失。

建议与注意事项：

• 在签订工程合同时，双方应当明确约定罚款条款，包括罚款的条件、金额、方式等，以确保合同的合法性和有效性。
• 甲方在扣除罚款前，应当仔细审查合同条款，确保扣除行为符合合同约定和法律法规的规定。
• 乙方在收到甲方扣除罚款的通知后，应当及时核对扣除金额和原因，如有异议，应当及时与甲方沟通并协商解决。

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