安全罚款是否可以从工程款中扣除，需分情况讨论，核心结论如下：

1. 若合同有明确约定
   若施工合同中明确约定“因承包方违反安全规定导致的罚款，发包方有权从工程款中直接扣除”，则发包方有权依据合同条款扣除相应款项。此时需注意：

   • 罚款金额需合理，不得超过实际损失或合同约定的上限；
     
   • 发包方需提供罚款依据（如行政处罚决定书、现场检查记录等），证明罚款与承包方违约行为的直接关联性。

2. 若合同无明确约定
   若合同未约定扣除条款，发包方直接扣除工程款可能构成违约，承包方有权要求支付被扣款项。此时可通过以下途径解决：

   • 协商：双方就罚款责任及支付方式达成补充协议；
     
   • 诉讼/仲裁：若协商无果，承包方可依据《民法典》第577条（违约责任）主张权利，要求发包方支付工程款并赔偿损失。

3. 特殊情形：行政罚款的转嫁
   若安全罚款系行政机关对承包方的处罚（如《安全生产法》规定的罚款），该罚款性质为行政责任，发包方无权直接从工程款中扣除。承包方需自行承担行政罚款，但若因承包方违约导致发包方被牵连处罚（如连带责任），发包方可依据合同或实际损失向承包方追偿。

实务建议：

• 施工合同中应明确安全责任条款，包括罚款标准、扣除方式及争议解决机制；
  
• 发包方扣除工程款时，需保留完整证据链（如违约通知、罚款凭证等）；
  
• 承包方若对罚款有异议，可要求发包方出具书面说明，必要时通过法律途径维权。
  

如有具体合同条款或案件细节，可进一步向我咨询，我会结合实际情况为您详细分析。