结论：公务员乘坐本单位车辆发生单方事故，保险理赔不足部分单位是否赔偿需分情况讨论，主要取决于事故责任归属、单位内部规定及是否存在过错等因素。以下从不同角度展开分析：
1. 若事故由单位车辆本身问题或驾驶员（单位指派）过错导致
- 单位可能需承担补充赔偿责任：根据《民法典》第1209条，因租赁、借用等情形机动车所有人、管理人与使用人不是同一人时，发生交通事故造成损害，属于该机动车一方责任的，由机动车使用人承担赔偿责任；机动车所有人、管理人对损害的发生有过错的，承担相应的赔偿责任。
- 具体情形：若车辆未定期检修（如刹车失灵）、驾驶员疲劳驾驶或违规操作等，单位作为车辆管理人或雇主，可能因未尽到管理义务或选任责任，需对保险不足部分承担补充赔偿。
- 例外：若单位能证明已尽到合理管理义务（如定期保养、驾驶员培训等），且事故纯属意外（如突发自然灾害导致），单位可能免责。
2. 若事故由公务员自身过错导致（如指挥驾驶员违规操作）
- 单位一般不承担赔偿责任：根据《民法典》第1165条，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。
- 具体情形：若公务员在乘车过程中主动要求驾驶员超速、闯红灯等，导致事故发生，其自身需承担主要责任，单位无过错则无需赔偿。
- 例外：若单位对公务员的违规行为存在纵容或管理疏漏（如未制止危险指令），可能承担部分连带责任。
3. 若单位与公务员存在劳动关系，且事故属于工伤范畴
- 单位需通过工伤保险补偿，但与保险理赔是独立法律关系：
- 工伤认定：根据《工伤保险条例》第14条，职工在上下班途中，受到非本人主要责任的交通事故伤害的，应认定为工伤。若公务员因执行公务（如出差）发生事故，即使为单方事故，也可能被认定为工伤。
- 补偿范围：工伤保险可覆盖医疗费、伤残补助金等，但与商业保险理赔不冲突。若保险不足，单位无需额外赔偿，但需确保工伤保险足额缴纳。
4. 单位内部规定或合同约定
- 需具体审查单位规章制度或保险合同：
- 单位自购补充保险：若单位为车辆额外购买了“车上人员责任险”或“雇主责任险”，保险不足部分可能由补充保险覆盖。
- 内部赔偿协议：若单位与公务员签订协议约定“事故赔偿超出保险部分由单位承担”，则需按协议履行。
行动建议：
- 收集证据：包括事故认定书、车辆检修记录、驾驶员资质证明、单位管理规定等，以明确责任归属。
- 协商或诉讼：若单位拒绝赔偿，可先通过内部申诉或调解解决；协商无果时，可向法院起诉，主张单位过错或工伤补偿。
- 咨询专业律师：若涉及复杂责任划分或高额赔偿，建议进一步向我咨询，我会结合具体证据和法律条款为您制定维权方案。
如有其他细节需要补充，欢迎随时告知！