结论：五一假期若只放两天假，请一天假扣一天底薪是否合理，需根据具体情况判断，一般情况下，若符合法定休假及请假制度，扣底薪可能不合理；若存在特殊约定或违反公司规定，则可能合理。以下从不同角度进行分析：
一、法定休假制度角度
根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，五一国际劳动节通常放假3天（具体以当年国务院发布的节假日安排通知为准）。若公司只放两天假，本身可能已违反了法定休假制度。在此情况下，员工请假一天，公司扣底薪的行为可能缺乏合法依据，因为员工本应享受更长的假期。
二、公司规章制度角度
若公司规章制度合法且明确：
- 如果公司规章制度中明确规定了请假制度，包括请假流程、请假期间的工资支付等，且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么员工请假一天扣底薪的行为可能是合理的。
- 但需注意，公司规章制度必须经过民主程序制定，并向员工公示或告知，否则可能对员工不产生约束力。
若公司规章制度不合法或不明确：
- 如果公司规章制度中未明确规定请假期间的工资支付方式，或者规定违反了法律法规的强制性规定（如无故克扣工资），那么员工请假一天扣底薪的行为可能是不合理的。
- 在此情况下，员工有权要求公司按照法律法规的规定支付工资，并可能向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
三、劳动合同及约定角度
- 如果劳动合同中明确约定了请假期间的工资支付方式，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么双方应按照劳动合同的约定执行。
- 如果劳动合同中未约定或约定不明确，则应参照公司规章制度或相关法律法规的规定执行。
四、实际操作建议
核实法定休假天数：
- 员工应首先核实当年五一国际劳动节的法定休假天数，以确定公司是否违反了法定休假制度。
查阅公司规章制度：
- 员工应查阅公司规章制度中关于请假制度的规定，了解请假期间的工资支付方式。
与用人单位沟通：
- 如果员工认为公司扣底薪的行为不合理，可以与用人单位进行沟通，要求公司说明扣底薪的依据和理由。
寻求法律援助：
- 如果沟通无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
示例说明：
假设某年五一国际劳动节法定休假3天，但公司只放2天假。员工小李因个人原因需要请假1天，公司扣除了小李1天的底薪。在此情况下：
- 如果公司规章制度中明确规定了请假期间扣底薪的条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么公司的行为可能是合理的。
- 但如果公司规章制度中未规定请假期间扣底薪的条款，或者规定违反了法律法规的强制性规定（如无故克扣工资），那么公司的行为可能是不合理的。小李有权要求公司按照法律法规的规定支付工资，并可能向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
后续行动建议：
- 员工应保留好相关证据（如劳动合同、公司规章制度、请假条、工资条等），以便在需要时维护自己的合法权益。
- 如果员工对公司的行为有疑问或不满，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。