您好，关于您提出的“注册公司用员工身份证会查出来有案底吗”这一问题，我可以为您详细解答。
首先，需要明确的是，注册公司本身并不会直接触发对员工身份证的案底查询。公司注册流程主要关注的是公司设立的合法性、股东及法定代表人的身份验证等，并不涉及对员工个人犯罪记录的审查。
然而，如果您或公司出于特定目的（如员工背景调查、特定岗位招聘等），想要了解员工是否有犯罪记录，那么可以通过合法途径进行查询。根据相关规定，单位在征询被查询人同意后，可以批量查询公司员工的无犯罪记录。这一流程通常需要携带相关证件（如营业执照、授权委托书等）到派出所进行授权，然后在线上提交查询申请，等待审核结果。
但重要的是要强调，任何对个人犯罪记录的查询都必须遵循法律法规，确保被查询人的知情权和同意权。未经被查询人同意，擅自查询或泄露其犯罪记录信息是违法的，并可能承担相应的法律责任。
另外，关于公司注册过程中使用员工身份证的问题，还需要注意以下几点：
确保身份证的真实性和有效性：使用虚假或无效的身份证进行公司注册是违法的，并可能导致公司注册被撤销或面临其他法律后果。
尊重员工隐私权：在收集和使用员工身份证信息时，应严格遵守相关法律法规，确保员工隐私权不受侵犯。
防范冒名登记风险：近年来，冒用他人身份信息取得公司登记的情况时有发生。为防范此类风险，公司应加强对员工身份信息的核实和管理，确保注册信息的真实性和准确性。
综上所述，注册公司本身不会查员工案底，但如需查询员工犯罪记录，必须遵循合法途径并征得被查询人同意。同时，在公司注册过程中使用员工身份证时，也应确保信息的真实性和有效性，并尊重员工隐私权。希望这些解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。