结论：在注册公司时，工商部门通常不会主动查询法人的案底，但在特定情况下，如涉及特定行业许可、高管任职资格审查或公司存在违法违规行为时，可能会进行相关背景调查。

详细分析：

1. 一般情况下的注册流程：

   • 在大多数情况下，注册公司主要关注的是公司的基本信息、股东结构、注册资本、经营范围等核心要素。工商部门在审核这些信息时，主要依据的是申请人提交的书面材料和相关法律法规，而不会主动去查询法人的个人案底。这是因为，法人的个人历史（除非涉及法律禁止的情形）通常不是公司注册时的必要审查内容。

2. 特定情况下的背景调查：

   • 特定行业许可：如果公司从事的是需要特定行业许可的业务（如金融、教育、医疗等），那么在申请这些许可时，相关部门可能会对法人的背景进行更为严格的审查，包括查询是否有犯罪记录等。这是为了确保公司及其高管符合行业准入标准，保障公众利益。
   • 高管任职资格审查：在某些情况下，特别是当法人同时担任公司高管（如董事、监事、高级管理人员等）时，其任职资格可能会受到更严格的审查。这包括对其个人品质、职业操守以及是否有违法违规行为等方面的考量。虽然这种审查不一定直接涉及“案底”，但可能会包括对相关记录的查询。
   • 公司存在违法违规行为：如果公司已经存在违法违规行为，或者工商部门在审核过程中发现公司提交的材料存在疑点或虚假信息，那么工商部门可能会进一步调查，包括查询法人的个人背景信息，以确定是否存在更严重的违法问题。

3. 法律建议：

   • 对于法人而言，虽然一般情况下注册公司不需要担心个人案底被查询，但仍应确保提交的所有材料真实、准确、完整。任何虚假信息都可能导致注册失败或面临法律责任。
   • 如果法人确实存在某些可能影响公司注册或运营的历史记录（如犯罪记录、行政处罚记录等），建议提前咨询专业律师，了解相关法律法规和政策要求，以便做好应对准备。
   • 在选择法人时，公司应充分考虑其个人品质、职业操守以及是否有违法违规行为等因素，以确保公司的合法合规运营。

后续行动建议：

• 如果您对注册公司过程中可能涉及的背景调查有进一步疑问，或者需要了解特定行业许可、高管任职资格审查等方面的具体要求，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供详细的法律建议和指导。