公司入职时是否会查案底，主要取决于岗位性质、行业要求以及相关法律法规的规定。一般情况下，企业不会直接查询员工案底，但在特定行业和岗位上，法律明确要求或允许进行犯罪记录查询。以下是对此问题的详细分析：
一、一般情况下的入职查案底
无需直接查询：
- 在常规的入职流程中，企业通常不会直接查询员工的案底记录。这是因为公安机关的档案并不向公司提供直接查询服务，以保护个人隐私和信息安全。
间接了解背景：
- 企业有权要求应聘者如实填写个人简历，并可能通过其他合法途径间接了解应聘者的背景，如要求应聘者提供无犯罪记录证明（需应聘者自愿并配合办理）等。但企业本身并没有权限直接查询公安机关保存的个人违法犯罪记录。
员工如实披露义务：
- 根据《中华人民共和国刑法》第一百条的规定，依法受过刑事处罚的人在就业时，应当如实向用人单位报告自己曾受过刑事处罚的事实。这是员工的法定义务，隐瞒或提供虚假信息可能面临法律风险。
二、特定情况下的入职查案底
法律明确要求的查询：
- 涉及未成年人的工作岗位：根据《中华人民共和国未成年人保护法》，密切接触未成年人的单位（如学校、幼儿园、校外培训机构等）在招聘时，必须向公安机关、人民检察院查询应聘者是否具有性侵害、虐待、拐卖、暴力伤害等违法犯罪记录，发现有的不得录用。
- 公务员、征兵等特定招录：报考公务员或应征公民若曾因犯罪受过刑事处罚，则不得录用或征集服现役。招录机关会进行严格的政治审查，包括审查违法犯罪情况。
企业自主决定的查询：
- 在某些高风险或需要高诚信度的行业，如金融机构、安保公司等，企业可能会根据自身业务需求和风险防控考虑，要求查询应聘者的犯罪记录情况。但这种查询需要获得应聘者的授权同意，并遵循合法、正当、必要的原则，不得滥用信息侵犯应聘者隐私。
查询程序与注意事项：
- 查询程序：若企业需查询员工案底，通常需提交申请至公安机关，携带介绍信、经办人身份证及员工授权书等材料。公安机关核实材料后启动核查流程，并以书面形式反馈结果。
- 注意事项：企业应严格遵守保密义务，防止员工个人信息泄露；不得将案底作为歧视性筛选标准，需确保招聘决策符合法律规定；查询结果应妥善保存于员工档案中，避免非必要扩散。
三、法律建议与风险提示
对求职者的建议：
- 若您有犯罪记录，在应聘时应如实向用人单位报告，避免隐瞒或提供虚假信息。隐瞒犯罪记录可能导致劳动合同无效或被解除，并可能面临法律责任。
对企业的建议：
- 在招聘过程中，企业应遵守相关法律法规，不得非法查询或使用员工的犯罪记录。若需查询，应获得员工的授权同意，并遵循合法、正当、必要的原则。
- 企业应建立公平、公正的招聘机制，避免因员工犯罪记录而进行歧视或不合理限制。
如有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供更为详细和专业的法律解答。