行政行为被行政机关自行撤销后，法院的处理方式主要取决于撤销的合法性、合理性以及是否对当事人的权益产生影响，具体分为以下几种情况：
撤销合法且合理，未损害当事人权益
- 法院处理：若行政机关自行撤销行政行为，且该撤销行为符合法律法规的规定，程序正当，未损害当事人的合法权益，法院通常会认可该撤销行为的效力。在此情况下，若当事人就该行政行为提起行政诉讼，法院可能会因行政行为已被撤销而裁定驳回起诉或判决确认撤销行为合法。
- 法律依据：根据《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定，行政行为被撤销后，若该撤销行为本身合法，则原行政行为自始无效，法院无需再对原行政行为进行实体审查。
撤销违法或不当，损害当事人权益
- 法院处理：若行政机关自行撤销行政行为，但该撤销行为存在违法或不当之处，如违反法定程序、超越职权、滥用职权等，且因此损害了当事人的合法权益，法院将依法进行审查。若当事人就该撤销行为提起行政诉讼，法院将判决撤销该撤销行为，并可能责令行政机关重新作出行政行为或赔偿当事人损失。
- 法律依据：根据《中华人民共和国行政诉讼法》第七十条的规定，行政行为有主要证据不足、适用法律、法规错误、违反法定程序、超越职权、滥用职权或明显不当等情形的，人民法院判决撤销或者部分撤销，并可以判决被告重新作出行政行为。
撤销后行政机关未履行后续义务
- 法院处理：若行政机关自行撤销行政行为后，未依法履行后续义务，如未退还已收取的费用、未恢复原状等，导致当事人权益受损，当事人可以就该后续义务的履行向法院提起诉讼。法院将依法审查行政机关是否履行了法定职责，并判决行政机关承担相应的法律责任。
- 法律依据：根据《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定，行政机关在撤销行政行为后，应依法履行后续义务，保障当事人的合法权益。若行政机关未履行，则构成不作为，法院将依法判决其履行。
在行政行为被撤销后，当事人应注意以下几点：
- 及时了解撤销原因：当事人应尽快了解行政机关撤销行政行为的具体原因，以便判断撤销行为的合法性和合理性。
- 保留相关证据：当事人应保留与原行政行为及撤销行为相关的所有证据，以备在后续的法律程序中使用。
- 依法维权：若当事人认为撤销行为违法或不当，损害了其合法权益，应依法向法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
若您遇到行政行为被撤销的情况，且对法院的处理方式有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，为您提供专业的法律意见和帮助。