车辆挂靠公司提档收费是否合法，需结合具体情况判断，但一般来说，只要符合法律法规和合同约定，此类收费是合法的。以下从多个角度进行分析：
一、法律依据与合同约定
《中华人民共和国民法典》的相关规定：
- 根据《民法典》中关于合同编的规定，车辆挂靠关系本质上是一种合同关系。只要挂靠协议是双方真实意思的表示，且不违反法律法规的强制性规定，就是合法有效的。因此，如果挂靠协议中明确约定了提档收费的项目、标准和方式，且这些约定不违反法律法规，那么挂靠公司收取提档费就是合法的。
- 特别地，虽然《民法典》第九百六十三条主要针对中介合同，但车辆挂靠关系中，挂靠公司作为提供挂靠服务的一方，其收取费用的行为（包括提档费）在性质上可以类比为提供服务的报酬，前提是双方有明确的约定且不违反法律法规的强制性规定。
其他相关法律法规：
- 车辆挂靠经营作为一种特殊的经营模式，在法律上并没有明确的禁止性规定。因此，只要挂靠公司和车主之间的协议内容合法、明确，且双方自愿签订，那么该协议就具有法律效力，包括其中关于提档收费的约定。
二、合法性条件
双方自愿且意思表示真实：
- 挂靠协议必须是双方自愿签订的，不存在欺诈、胁迫等情形。双方对协议的内容应有充分的理解，并明确表示同意，包括提档收费的条款。
协议内容合法且明确：
- 协议中应明确约定提档收费的标准、支付方式等关键条款。这些条款应合理，不得过高或存在显失公平的情形。
- 提档收费的服务内容应具体明确，包括挂靠公司提供的具体服务范围、质量标准等，以确保车主清楚了解所支付费用的用途。
不违反法律法规的强制性规定：
- 挂靠协议不得违反国家法律法规的强制性规定，如不得涉及非法经营、偷税漏税等行为。提档收费作为协议的一部分，也必须遵守这一原则。
三、实践中的注意事项
审查挂靠公司的资质和信誉：
- 在选择挂靠公司时，车主应仔细审查其资质和信誉，确保其具备合法的经营资格和良好的商业信誉。这有助于降低因挂靠公司违规操作而带来的风险。
明确协议条款：
- 在签订挂靠协议前，车主应认真阅读协议条款，特别是关于提档收费的部分。确保自己对协议内容有充分的理解，并特别关注收费标准、支付方式等关键条款。
保留相关证据：
- 在履行挂靠协议过程中，车主应妥善保管相关证据，如协议文本、支付凭证等。这些证据在发生纠纷时能够维护自己的合法权益，证明提档收费的合法性和合理性。
总结与建议：
车辆挂靠公司提档收费在符合法律法规和合同约定的情况下是合法的。车主在选择挂靠公司和签订挂靠协议时，应仔细审查协议条款，确保提档收费的合法性和合理性。如果车主对提档收费有疑问或认为存在不合理之处，应及时与挂靠公司沟通协商，必要时可以寻求法律帮助以维护自己的合法权益。如有任何法律问题，都可以直接向我咨询。