科技企业孵化器收取科技服务费是否合法，这主要取决于其是否符合国家相关的税收政策和规定。根据财政部、税务总局、科技部、教育部联合发布的公告（财政部 税务总局 科技部 教育部公告2023年第42号），我们可以对这一问题进行详细分析：

首先，该公告明确了对国家级、省级科技企业孵化器、大学科技园和国家备案众创空间的一系列税收优惠政策。其中，对于这些机构向在孵对象提供孵化服务取得的收入，是免征增值税的。这里的“孵化服务”通常涵盖了为在孵企业、创业团队和个人提供的各种支持和服务，包括但不限于科技服务。

然而，这并不意味着科技企业孵化器不能收取任何费用。关键在于这些费用是否被视为“孵化服务收入”，并且是否符合免税政策的条件。如果科技企业孵化器提供的科技服务是其孵化服务的一部分，并且这些服务是直接面向在孵对象的，那么根据公告，这部分收入可能是免征增值税的。

但另一方面，如果科技企业孵化器提供的科技服务超出了其作为孵化器的正常服务范围，或者这些服务是面向非在孵对象的，那么这部分收入可能就不享受免税政策，需要依法缴纳增值税。

此外，科技企业孵化器在收取科技服务费时，还需要确保其收费行为符合相关的价格法规和市场监管要求，不得存在乱收费、高收费等违法行为。

总结来说：科技企业孵化器收取科技服务费是否合法，取决于多个因素，包括服务是否属于孵化服务的一部分、服务对象是否为在孵对象、以及收费行为是否符合相关法规和政策要求。因此，不能一概而论地说科技企业孵化器收取科技服务费就是合法的或不合法的。如果科技企业孵化器在收取科技服务费时存在疑问或不确定，建议咨询专业的税务或法律顾问，以确保其收费行为的合法性和合规性。