企业孵化是合法的，并且得到了国家政策的大力支持。以下是对企业孵化合法性的详细解答：

一、政策支持与认定管理

1. 政策支持：企业孵化器，特别是科技型企业孵化器，是国家创新体系的重要组成部分，得到了国家政策的大力扶持。例如，工业和信息化部、财政部、税务总局等部门联合发布了多项通知和公告，明确了对科技型企业孵化器的税收优惠政策，以及认定管理职责的划转等，这为企业孵化器的合法运营提供了有力的政策保障。

2. 认定管理：科技部和地方科技厅（委、局）负责对全国及所在地区的孵化器进行宏观管理和业务指导。国家级科技企业孵化器的认定有严格的条件和管理办法，如《国家级科技企业孵化器认定管理办法》中明确规定了孵化器的认定条件、申报程序、管理要求等，确保了孵化器的合法性和规范性。

二、孵化器的功能与作用

1. 促进科技成果转化：孵化器以促进科技成果转化、培育科技企业和企业家精神为宗旨，为初创企业提供物理空间、共享设施和专业化服务，帮助它们快速成长。

2. 构建创业孵化服务体系：孵化器致力于构建完善的创业孵化服务体系，提高服务能力和孵化成效，形成主体多元、类型多样、业态丰富的发展格局。

3. 推动创新创业：孵化器是创新创业人才的培养基地和大众创新创业的支撑平台，通过提供创业服务、创业培训、创业导师等资源，推动创新创业活动的蓬勃开展。

三、孵化器的合法运营要求

1. 具备独立法人资格：孵化器应具有独立法人资格，发展方向明确，具备完善的运营管理体系和孵化服务机制。

2. 符合认定条件：孵化器应满足国家级科技企业孵化器的认定条件，如孵化场地面积、在孵企业数量、孵化资金规模、知识产权比例等要求。

3. 遵守法律法规：孵化器在运营过程中应遵守国家法律法规和政策规定，不得从事违法违规活动。

四、孵化器的优惠政策与扶持

1. 税收优惠：符合条件的孵化器可以享受国家税收优惠政策，如减免企业所得税、增值税等。

2. 资金扶持：政府和相关部门会为孵化器提供资金扶持，如设立孵化资金、提供贷款贴息等，帮助孵化器更好地服务初创企业。

3. 政策支持：孵化器还可以享受政府提供的政策支持，如用地政策、财政补贴、人才引进等，为孵化器的合法运营和发展提供有力保障。

综上所述，企业孵化是合法的，并且得到了国家政策的大力支持。孵化器在运营过程中应遵守国家法律法规和政策规定，满足认定条件，享受优惠政策与扶持，为初创企业提供良好的创业环境和服务。