结论：法人不可以仅以大股东非法侵占公章、严重损害公司利益为理由，自行决定重新刻制公章。
详细分析：
公章的法律意义：
- 公章是公司对外进行法律行为、签订合同、出具文件等的重要凭证，具有极高的法律效力。公章的保管和使用应当遵循严格的制度和程序，以确保公司的合法权益不受侵害。
重新刻制公章的法定程序：
- 根据相关法律法规及公司章程的规定，重新刻制公章通常需要经过公司董事会或股东会的决议，并到相关部门办理备案手续。法人作为公司的代表，虽然有权代表公司进行法律行为，但无权擅自决定重新刻制公章。
大股东非法侵占公章的处理方式：
- 如果大股东非法侵占公章并严重损害公司利益，法人应当首先通过内部程序（如召开董事会或股东会）来解决问题。如果内部程序无法解决问题，法人可以向公安机关报案，请求公安机关介入调查并追回公章。同时，法人还可以考虑通过法律途径（如提起诉讼）来维护公司的合法权益。
法人擅自重新刻制公章的法律后果：
- 如果法人擅自重新刻制公章，可能会构成违法行为，如伪造公司印章等。这不仅会损害公司的声誉和利益，还可能使法人面临法律责任，如行政处罚或刑事责任。
法律建议：
- 内部解决：首先尝试通过公司内部程序（如董事会或股东会）来解决大股东非法侵占公章的问题。
- 法律途径：如果内部程序无法解决问题，及时咨询专业律师，通过法律途径（如提起诉讼或申请仲裁）来维护公司的合法权益。
- 报案处理：在必要时，向公安机关报案，请求公安机关介入调查并追回公章。
可能面临的法律后果：
- 如果法人擅自重新刻制公章，可能会面临行政处罚，如罚款、没收违法所得等。
- 在严重情况下，法人还可能构成犯罪，如伪造公司印章罪，面临刑事责任。
总结与启示：
- 公章的保管和使用应当遵循严格的制度和程序，法人无权擅自决定重新刻制公章。
- 在面对大股东非法侵占公章等违法行为时，法人应当通过合法途径来维护公司的合法权益，避免采取非法手段导致更严重的法律后果。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。