关于“约定以基本工资计算加班工资的约定是否有效”的问题，结论前置如下：
- 若约定合法且合理，则有效：当用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定以基本工资作为加班工资的计算基数，且该约定不违反法律法规的强制性规定，同时保障了劳动者的合法权益时，该约定是有效的。
- 若约定违法或显失公平，则无效：若约定违反了法律法规的强制性规定，如加班工资计算基数低于当地最低工资标准，或者存在欺诈、胁迫等情形，导致劳动者权益受损，则该约定无效。
详细分析如下：
一、约定有效的情形
约定合法：
- 用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定了以基本工资作为加班工资的计算基数，且该约定不违反《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规的强制性规定。例如，约定的基本工资不低于当地最低工资标准，且加班工资的支付比例符合法定要求（平时加班150%，周末加班200%，法定节假日加班300%）。
劳动者充分知晓并同意：
- 用人单位在签订劳动合同时，已就“以基本工资计算加班工资”的条款向劳动者进行了清晰、明确的解释，劳动者在充分了解该约定的内容和法律后果后，自愿签字同意。
保障劳动者权益：
- 该约定未损害劳动者的合法权益，如加班时间合理，且加班工资能够按时足额支付。
二、约定无效的情形
违反法律强制性规定：
- 若约定的基本工资低于当地最低工资标准，或加班工资的支付比例不符合法定要求，该约定将因违反法律法规的强制性规定而无效。
存在欺诈、胁迫等情形：
- 若用人单位在签订劳动合同时采用欺诈、胁迫手段，或利用劳动者处于危困状态、缺乏判断能力等情形，迫使劳动者接受不合理的约定，该约定可被依法撤销，撤销后自始无效。
显失公平：
- 若约定导致劳动者未获得应有的加班费，或其工作时间过长严重影响健康，损害了劳动者的合法权益，该约定同样可能被认定为无效。例如，劳动者加班时间极长，但加班工资极低，与劳动者付出的劳动严重不匹配。
三、特别提示与建议
关注约定内容：
- 劳动者在签订劳动合同时，应仔细审查关于加班工资计算基数的约定，确保自身权益得到合理保障。若对约定内容有疑问，应及时向用人单位提出并寻求解释。
保留证据：
- 劳动者应保留好与加班相关的证据，如加班记录、工资条等，以便在发生争议时能够证明自己的加班时间和应得的加班工资。
及时维权：
- 若认为用人单位未按照约定支付加班工资，或约定本身存在违法情形，劳动者应及时向劳动仲裁机构或法院提起仲裁或诉讼，以维护自身合法权益。
举例说明：
假设某劳动者与用人单位在劳动合同中约定，以基本工资2000元作为加班工资的计算基数。若该基本工资不低于当地最低工资标准，且加班工资的支付比例符合法定要求（如平时加班按150%计算），同时劳动者在签订合同时已充分了解并同意该约定，则该约定是有效的。然而，若该基本工资低于当地最低工资标准，或加班工资的支付比例不符合法定要求，则该约定无效。
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