公司用员工身份注册个体户是否违法，需根据具体情况进行综合判断。以下从违法和合法两个角度进行详细分析：
违法情况
规避劳动法律责任：
- 若公司通过要求员工注册个体工商户，将原本的劳动关系转变为合作关系，以此逃避为员工缴纳社保、支付加班工资、提供法定福利待遇等劳动法规定的义务，则构成违法行为。这种行为违反了《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》，损害了员工的合法权益，如工伤保险、社会保险等保障将无法得到落实。例如，公司要求员工注册个体户后，不再为员工缴纳社保，员工在发生工伤时将无法获得相应的工伤保险待遇。
偷税漏税：
- 公司若利用员工注册的个体工商户进行虚假交易、虚开发票，以逃避税务监管和纳税义务，也属于严重的违法行为。根据《中华人民共和国税收征收管理法》和《中华人民共和国刑法》的相关规定，涉及偷税漏税的单位和个人将面临罚款、补缴税款、滞纳金以及可能的刑事责任。例如，公司通过员工注册的个体户进行虚假交易，将公司利润转移至个体户，以减少公司应纳税额。
侵害员工权益：
- 若公司要求员工注册个体工商户后，个体工商户承担的经营风险和债务将由员工个人负责，这可能导致员工的个人财产和信用受到严重影响。此外，如果公司在这一过程中未提供充分的法律支持和保障，也可能构成对员工权益的侵害。例如，公司要求员工注册个体户后，以个体户名义对外签订合同，若合同出现纠纷，员工个人可能需要承担法律责任。
合法情况
真实的业务合作需求：
- 如果公司与员工注册的个体工商户之间存在真实、合理的业务往来，且个体工商户独立开展经营活动、自负盈亏，与公司之间形成平等的商业合作关系，并符合相关法律法规和商业道德规范，那么这种行为是合法的。例如，员工利用自身特长和资源为公司提供特定服务或产品，双方签订公平、公正的合作协议，明确权利义务。
员工自主创业意愿：
- 若员工本身有自主创业的打算，公司出于鼓励员工创业的目的，提供帮助和支持让员工注册个体工商户。只要员工的创业活动与公司业务相对独立，且不影响员工正常履行与公司的劳动合同约定的职责，这种情况也是合法的。例如，员工在业余时间利用自身技能开展副业，公司为其提供注册个体户的支持和便利。
综合建议
在判断公司要求员工注册个体工商户是否违法时，应综合考虑具体的背景、目的以及相关的法律规定和合同约定等因素。公司应严格遵守相关法律法规，避免采取不当行为损害员工权益和逃避法律责任。同时，员工也应了解自己的权益和义务，在面临类似情况时能够做出正确的判断和应对。若您对公司用员工身份注册个体户的行为存在疑问或担忧，建议直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律分析和建议。