核心结论：三天旷工后“自动离职”的工资结算需分情况讨论，主要取决于公司规章制度是否合法有效以及员工是否构成严重违纪。以下是具体分析：

1. 若公司规章制度合法且明确规定“旷工三天视为自动离职”
   根据《劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位规章制度的，用人单位可解除劳动合同且无需支付经济补偿。此时：

   • 工资结算：公司需按实际出勤天数支付工资（扣除旷工期间工资），但无需支付离职补偿金。
     
   • 关键点：规章制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论）、公示或告知员工（如签字确认），且“旷工三天”的处罚条款需合理（如与行业惯例相符）。若制度未公示或制定程序违法，可能被认定为无效，公司仍需支付经济补偿。

2. 若公司无合法规章制度或制度未生效
   若公司未制定相关制度，或制度未履行民主程序、未公示，则“旷工三天自动离职”可能被认定为违法解除劳动合同。此时：

   • 工资结算：公司需支付实际出勤工资，并可能需支付经济赔偿金（经济补偿金的2倍，按工作年限计算，每满1年支付1个月工资）。
     
   • 例外：若员工主动提出离职（如书面申请），则公司仅需支付实际工资，无需赔偿。

3. 员工主动离职的特殊情况
   若员工因公司未及时支付工资、未缴社保等原因主动离职（需留存证据如催告记录），则公司需支付实际工资及经济补偿金（按工作年限计算）。

操作建议：

• 对员工：保留考勤记录、工资条、公司规章制度等证据，若认为公司处理违法，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
  
• 对公司：完善规章制度（履行民主程序、公示），保留员工旷工证据（如签到表、通知记录），避免违法解除风险。
  

如有进一步细节（如公司制度内容、离职流程等），可继续向我咨询，我会结合具体情况为您分析。