结论：针对您描述的“工程验收投入运营两三年了不给钱，现在换领导了拿质量问题为名不给签字办结算”的情况，您可以通过法律途径来维护自己的权益，具体可以从以下几个角度进行分析和操作。

一、合同与验收文件的法律效力

1. 合同条款：首先，您需要回顾与发包方签订的建设工程合同，特别是关于工程款支付、验收、结算以及质量保证等条款。合同是双方权利义务的基础，如果合同中明确规定了工程验收合格后应支付工程款，且工程已经实际投入运营两三年，那么发包方以质量问题为由拒绝支付工程款可能缺乏合同依据。

2. 验收文件：工程验收文件是证明工程质量符合合同要求的重要证据。如果工程已经通过验收并投入运营，这通常意味着工程质量在验收时是被认可的。发包方在验收后长时间未提出质量问题，现在突然以此为由拒绝支付工程款，可能难以得到法律支持。

二、质量问题的抗辩与举证

1. 抗辩理由：发包方以质量问题为由拒绝支付工程款，需要承担举证责任，即证明工程质量确实存在问题，且该问题与您方的施工行为有直接因果关系。如果发包方无法提供充分证据支持其主张，那么其抗辩理由可能不被法院采纳。

2. 举证责任：在诉讼过程中，您可以要求发包方提供工程质量问题的具体证据，如检测报告、专家意见等。同时，您也可以提供相反的证据，如验收文件、运营记录等，以证明工程质量在验收时是符合要求的，且在运营过程中未出现因您方施工导致的质量问题。

三、法律途径与诉讼策略

1. 协商与调解：在采取法律行动之前，您可以尝试与发包方进行协商或调解，寻求双方都能接受的解决方案。这有助于节省时间和成本，同时维护双方的关系。

2. 提起诉讼：如果协商和调解无果，您可以向法院提起诉讼，要求发包方支付拖欠的工程款及可能的违约金或利息。在诉讼过程中，您需要充分准备证据，包括合同、验收文件、运营记录等，以支持您的主张。

3. 申请财产保全：为了防止发包方在诉讼过程中转移财产，导致判决难以执行，您可以向法院申请财产保全措施，如冻结发包方的银行账户或查封其财产。

四、注意事项与风险提示

1. 时效问题：请注意诉讼时效的问题。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。因此，您需要在知道或应当知道权利受到损害之日起三年内提起诉讼。

2. 证据收集：在诉讼过程中，证据的收集和保存至关重要。您需要确保所有与案件相关的证据都得到妥善保存，并在需要时能够提供给法院。

3. 专业咨询：由于建设工程案件涉及复杂的法律问题和专业技术知识，建议您在诉讼过程中寻求专业律师的帮助。我可以根据您的具体情况提供针对性的法律建议和诉讼策略。

五、后续行动建议

1. 整理证据：立即开始整理与案件相关的所有证据，包括合同、验收文件、运营记录、沟通记录等。

2. 咨询律师：与我联系，详细描述案件情况，以便我能够为您提供更具体的法律建议和诉讼策略。

3. 准备诉讼：在律师的指导下，准备诉讼材料，包括起诉状、证据清单等，并适时向法院提起诉讼。

总之，面对发包方以质量问题为由拒绝支付工程款的情况，您可以通过法律途径来维护自己的权益。请务必保持冷静，积极收集证据，并在必要时寻求专业律师的帮助。