在刑事案件中，若发现卷宗里存在非法证据，在申诉时可以按照以下步骤和要点来处理：

1. 明确非法证据的范围与认定标准

   • 非法证据定义：非法证据通常指的是通过非法方法收集的证据，如刑讯逼供、威胁、引诱、欺骗等非法手段获取的犯罪嫌疑人、被告人供述，以及暴力、威胁等非法方法收集的证人证言、被害人陈述等。
   • 认定标准：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关司法解释，非法证据的认定需满足“非法性”和“关联性”两个条件，即证据的收集方法违反法律规定，且该证据与案件事实具有关联性。

2. 收集并固定非法证据的线索或材料

   • 线索收集：申诉人应积极收集能够证明证据非法性的线索，如犯罪嫌疑人、被告人的陈述、同案犯的证言、看守所的监控录像、医疗记录等。
   • 材料固定：对于收集到的线索，应及时通过合法手段进行固定，如通过公证、录音录像、书面记录等方式，确保线索的真实性和可靠性。

3. 向相关部门提出排除非法证据的申请

   • 申请时机：在刑事诉讼过程中，申诉人可以在侦查阶段、审查起诉阶段或审判阶段向相关部门提出排除非法证据的申请。
   • 申请内容：申请应明确指出哪些证据属于非法证据，并附上相关线索或材料作为证明。同时，应阐述非法证据对案件公正性的影响，以及排除非法证据的必要性。

4. 参与非法证据排除的审查与听证

   • 审查过程：相关部门在收到排除非法证据的申请后，会进行审查，并可能组织听证会，邀请申诉人、被告人、辩护人等相关方参与。
   • 听证准备：申诉人应充分准备听证材料，包括非法证据的线索、材料以及相关法律规定，以便在听证会上充分阐述自己的观点。

5. 根据审查结果采取相应措施

   • 证据排除：如果相关部门认定证据为非法证据，将依法予以排除，不得作为定案的根据。
   • 案件处理：非法证据被排除后，案件的处理将受到影响。如果排除非法证据后，案件事实不清、证据不足，可能面临不起诉、撤销案件或宣告无罪等结果。

6. 持续关注案件进展并适时申诉

   • 关注进展：申诉人应持续关注案件的进展情况，了解非法证据排除后案件的处理结果。
   • 适时申诉：如果对案件处理结果不满，申诉人可以在法定期限内向上一级机关提出申诉或申请复议、复核等。

额外建议：

• 在处理非法证据问题时，申诉人应保持冷静和理性，避免采取过激行为或言辞。
• 申诉人应积极与辩护人沟通合作，共同制定申诉策略，提高申诉的成功率。
• 如果对法律程序或相关规定不熟悉，建议咨询专业律师以获取更详细的指导和帮助，当然，你有问题也可以直接向我咨询。