当法院判决两份股权转让协议无效后，若两方公司不配合变更登记，您可以采取以下法律措施来维护自身权益：

1. 依据法院判决，要求公司履行变更登记义务

   • 法律依据：根据《中华人民共和国公司法》第三十二条第三款的规定，公司应当将股东的姓名或者名称向公司登记机关登记；登记事项发生变更的，应当办理变更登记。未经登记或者变更登记的，不得对抗第三人。在股权转让协议被法院判决无效后，股权应恢复至原始状态，公司有义务根据判决结果办理相应的变更登记。
   • 具体措施：您可以向公司发出书面通知，要求其根据法院判决办理股权变更登记手续。同时，保留好法院的判决书作为证据，以备后续使用。

2. 向法院申请强制执行

   • 法律依据：若公司拒不履行法院判决，您有权向法院申请强制执行。根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，法院有权采取一系列强制措施，包括但不限于查封、扣押、拍卖财产等，以迫使公司履行判决义务。
   • 具体措施：在申请强制执行时，您需要向法院提交强制执行申请书、法院的判决书以及可能需要的其他证据材料。法院在审查后，会决定是否采取强制执行措施。

3. 考虑对公司及相关责任人提起损害赔偿诉讼

   • 法律依据：如果公司的不配合行为给您造成了经济损失，如股权价值下降、交易机会丧失等，您有权根据《中华人民共和国民法典》中关于侵权责任的规定，对公司及相关责任人提起损害赔偿诉讼。
   • 具体措施：在提起损害赔偿诉讼时，您需要准备充分的证据来证明您的损失以及这些损失与公司不配合行为之间的因果关系。法院会根据证据情况判决公司及相关责任人承担相应的赔偿责任。

4. 与公司进行协商或寻求第三方调解

   • 协商解决：在采取法律手段之前，您可以尝试与公司进行协商，了解其不配合的原因，并寻求友好解决方案。协商过程中，您可以提出合理的变更登记方案，并争取公司的配合。
   • 第三方调解：如果协商无果，您可以考虑邀请专业调解机构或律师帮助双方进行调解。调解机构或律师会协助双方沟通，寻求和解方案，以避免进一步的法律纠纷。

在处理此类问题时，您还需要注意以下几点：

• 保留好所有相关证据：包括股权转让协议、法院判决书、与公司的沟通记录等。这些证据将在后续的法律程序中发挥重要作用。
• 及时咨询专业律师：虽然我已经为您提供了一些法律建议，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，在处理此类问题时，及时咨询专业律师是非常必要的。不过，既然您已经向我咨询，我会尽我所能为您提供全面的法律支持。
• 关注公司动态：在处理此类问题时，您需要密切关注公司的动态，包括其是否采取了其他法律行动或是否出现了其他可能影响股权变更登记的情况。

最后，我建议您在处理此类问题时保持冷静和理性，依法维护自己的合法权益。 如果您有任何疑问或需要进一步的法律支持，请随时向我咨询。