若法院已经判决企业更名，但对方不配合，您可以采取以下措施来维护自身权益：

1. 申请强制执行：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，当一方当事人不履行生效法律文书确定的义务时，另一方当事人有权向人民法院申请执行。
   • 操作步骤：您应准备好法院的判决书、执行申请书以及相关证据材料，向作出判决的法院提交强制执行申请。法院在审查后，若认为符合执行条件，将会启动执行程序。
   • 执行措施：法院在执行过程中，可能会采取多种措施，如查询、冻结、划拨被执行人的财产，或者要求相关登记机关协助办理更名手续等。

2. 寻求法院协助与沟通：

   • 与执行法官沟通：在申请执行后，您可以积极与执行法官沟通，了解执行进展，提供被执行人的财产线索或更名所需的具体信息，以便法院能够更高效地执行。
   • 请求法院出具协助执行通知书：如果更名需要其他行政机关或第三方的协助，您可以请求法院出具协助执行通知书，要求这些机关或第三方配合执行。

3. 考虑对方不配合的法律后果：

   • 罚款与拘留：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的规定，被执行人拒不履行人民法院已经发生法律效力的判决、裁定的，人民法院可以根据情节轻重予以罚款、拘留。
   • 信用惩戒：被执行人若不履行法律义务，还可能被纳入失信被执行人名单，受到信用惩戒，影响其日常经营和个人生活。
   • 刑事责任：在极端情况下，如果被执行人的行为构成拒不执行判决、裁定罪，还可能面临刑事责任的追究。

4. 寻求其他法律途径：

   • 提起诉讼：如果对方的不配合行为给您造成了其他损失，您还可以考虑提起诉讼，要求对方赔偿因不配合更名而给您造成的损失。
   • 协商与调解：在采取法律手段之前，您也可以尝试与对方进行协商或调解，寻求双方都能接受的解决方案。这有助于节省时间和成本，避免不必要的法律纠纷。

在处理此类问题时，您需要注意以下几点：

• 保留证据：确保您保留好所有与更名相关的证据材料，包括法院的判决书、执行申请书、沟通记录等。这些证据将在后续的执行或诉讼过程中发挥重要作用。
• 及时行动：一旦发现对方不配合更名，您应尽快采取行动，向法院申请执行或寻求其他法律途径解决。拖延时间可能会使问题变得更加复杂和难以解决。
• 咨询专业律师：虽然我在这里为您提供了一些基本的法律建议，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，在处理此类问题时，您最好咨询一位专业律师，以便获得更具体、更个性化的法律建议。不过，您现在就可以直接向我咨询，我会尽我所能为您提供帮助。

希望以上建议能对您有所帮助。如果您在处理过程中遇到任何问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。