关于工程量清单有争议部分鉴定公司能否直接根据清单进行鉴定的问题，我的结论是：这并非绝对，需结合具体情况判断，主要取决于争议的性质、合同约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度详细分析：

1. 合同约定优先：

   • 在建设工程合同中，双方通常会就工程量清单的编制、审核、调整及争议解决方式等作出明确约定。如果合同中明确规定了鉴定公司在面对争议时应如何操作，比如直接依据清单进行鉴定，或者需要先通过某种程序（如协商、专家评审等）解决争议后再进行鉴定，那么鉴定公司应当遵循合同约定。
   • 法律背景：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是双方意思表示一致的产物，具有法律约束力。因此，合同中的约定是解决争议的首要依据。

2. 争议性质的影响：

   • 如果争议仅涉及工程量清单中的某些具体项目或数量的计算错误，且这些错误是显而易见的，那么鉴定公司可能会直接根据清单进行鉴定，同时注明争议部分及调整建议。
   • 如果争议涉及工程量清单的编制原则、方法或理解上的分歧，且这些分歧无法通过简单核对或计算解决，那么鉴定公司可能需要先对争议部分进行深入分析，甚至可能需要组织专家论证或参考行业惯例，再作出鉴定结论。
   • 法律建议：在面对此类争议时，建议双方先尝试通过协商或调解解决分歧，以减少鉴定成本和时间。如果协商无果，再考虑通过鉴定或诉讼等法律途径解决。

3. 法律法规的遵循：

   • 鉴定公司在进行鉴定时，必须遵循相关法律法规的规定，如《建设工程工程量清单计价规范》等。这些规范对工程量清单的编制、审核及争议解决等方面都有详细规定。
   • 可能后果：如果鉴定公司违反法律法规或合同约定进行鉴定，其鉴定结论可能不被法院或仲裁机构采纳，甚至可能面临法律责任。

4. 实际操作中的灵活性：

   • 在实际操作中，鉴定公司可能会根据具体情况灵活处理争议部分。例如，对于某些争议较小或影响不大的项目，鉴定公司可能会直接依据清单进行鉴定；而对于争议较大或影响重大的项目，鉴定公司可能会更加谨慎，采取多种方法进行验证和确认。
   • 案例参考：在实际案例中，法院或仲裁机构通常会根据鉴定公司的鉴定结论、双方的证据及陈述、合同约定以及相关法律法规的规定来综合判断争议部分的工程量及价款。

综上所述，工程量清单有争议部分鉴定公司能否直接根据清单进行鉴定，并非一概而论。它取决于合同约定、争议性质、法律法规的遵循以及实际操作中的灵活性等多种因素。因此，在面对此类问题时，建议双方先仔细审查合同约定和相关法律法规，再尝试通过协商或调解解决分歧；如果协商无果，再考虑通过鉴定或诉讼等法律途径解决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。