针对您提出的“运输动物检疫证明承运人未备案，实际承运人司机已备案”的情况，首先明确结论：在此情形下，主要处罚对象将是未备案的承运人，而非已备案的实际承运人司机。 以下是详细分析：
法律依据与备案要求：
- 根据《中华人民共和国动物防疫法》第五十二条第三款，从事动物运输的单位、个人以及车辆，必须向所在地县级人民政府农业农村主管部门备案，并妥善保存行程路线和托运人提供的动物名称、检疫证明编号、数量等信息。这是法律对承运人的明确要求。
处罚对象与依据：
- 依据《中华人民共和国动物防疫法》第九十八条第三项，未经备案从事动物运输的，将由县级以上地方人民政府农业农村主管部门责令改正，并处三千元以上三万元以下罚款；情节严重的，还可能责令停业整顿，并处三万元以上十万元以下罚款。在此情况下，处罚对象是未进行备案的承运人，而非实际承运的司机（如果司机本身已作为个人完成备案，则不构成该条款的处罚对象）。
实际承运人司机的角色与责任：
- 实际承运人司机如果已按照法律规定完成备案，并且其运输行为符合动物防疫的相关要求，那么其通常不会因承运人未备案而受到直接处罚。然而，如果司机在运输过程中存在其他违法行为（如未携带检疫证明、未按规定保存运输信息等），则可能根据具体情况受到相应处罚。
可能的法律后果与建议：
- 对于未备案的承运人，除了面临上述行政处罚外，还可能因未履行法定义务而承担其他法律责任，如因动物疫病传播造成的损失赔偿等。
- 建议承运人：务必确保按照法律规定完成备案手续，并妥善保存运输过程中的相关信息，以避免不必要的法律风险。
- 建议实际承运人司机：在接受运输任务时，应确认承运人已履行备案义务，并确保自身运输行为符合法律要求，以保护自身合法权益。
特殊情况与考量：
- 如果实际承运人司机与承运人之间存在雇佣关系或合同关系，且司机在运输过程中是按照承运人的指示行事，那么在某些情况下，司机可能因承运人的违法行为而受到间接影响（如运输任务被中断、收入受损等）。但这并不改变司机本人不因承运人未备案而直接受罚的法律事实。
综上所述，对于您提出的问题，主要处罚对象将是未备案的承运人。实际承运人司机如果已备案且运输行为合法，则通常不会因此受到直接处罚。但无论如何，各方都应严格遵守动物防疫法律法规，确保运输活动的合法性和安全性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。