针对“承运人未备案怎么处理”这一问题，我们需要根据具体的承运类型和相关的法律法规来进行分析。以下我将分别从小微型客车租赁经营和动物运输两个领域来详细解答。

一、小微型客车租赁经营领域

在小微型客车租赁经营领域，根据《小微型客车租赁经营服务管理办法》的相关规定，从事小微型客车租赁经营的，应当具备相应条件并办理备案。若承运人（即小微型客车租赁经营者）未按照规定办理备案，将面临以下处理：

1. 行政处罚：由小微型客车租赁行政主管部门责令改正，并处3000元以上1万元以下罚款。这是直接针对未备案行为的法律制裁，旨在惩罚违规行为并督促其改正。

2. 经营行为不受法律保护：未备案的经营行为属于违规经营，其与承租人签订的租赁合同在法律效力上可能存疑。一旦发生纠纷，经营者的权益难以得到法律的充分保护。

3. 企业信誉与市场竞争力受损：“无证经营”的身份会使经营者丧失客户信任，影响企业声誉，难以在正规市场中立足和发展，业务拓展受阻。

4. 增加承租人风险：未备案经营者的资质、车辆状况、服务制度等缺乏监管，可能增加承租人在车辆安全、合同履行、费用透明、押金退还等方面的风险，容易导致服务纠纷和消费投诉。

5. 扰乱市场公平竞争秩序：规避监管和合规成本的未备案经营者，对守法合规的经营者构成不公平竞争，破坏了健康的行业生态。

处理建议：对于未备案的小微型客车租赁经营者，应尽快向经营所在地市级或者县级小微型客车租赁行政主管部门办理备案，并附送相关材料。若备案材料不完备或者不符合要求，应按照主管部门的要求补充完善。

二、动物运输领域

在动物运输领域，根据《动物防疫法》的相关规定，从事动物运输的单位、个人以及车辆未经备案，或者未按规定保存行程路线和托运人提供的动物名称、检疫证明编号、数量等信息的，将面临以下处理：

1. 行政处罚：由县级以上地方人民政府农业农村主管部门责令改正，处三千元以上三万元以下罚款；情节严重的，责令停业整顿，并处三万元以上十万元以下罚款。

处理建议：对于未备案的动物运输单位、个人或车辆，应尽快向县级以上地方人民政府农业农村主管部门进行备案，并按照规定保存相关行程路线和托运人提供的信息。若已发生违规行为，应积极配合主管部门的调查和处理，及时改正错误。

综上所述，承运人未备案的处理方式取决于具体的承运类型和相关的法律法规。无论是小微型客车租赁经营还是动物运输，未备案都将面临行政处罚、经营行为不受法律保护、企业信誉受损等风险。因此，建议承运人严格遵守相关法律法规，及时办理备案手续，以合法合规的方式开展经营活动。