结论：是否需要配合公司补办在职期间的凭证，需根据具体情况判断，一般而言，若凭证的补办不涉及您额外的义务或损失，且公司能证明其丢失非因您的故意或重大过失，从合作与和谐劳动关系的角度出发，您可以考虑配合；但若补办凭证会给您带来不合理负担或公司存在过错，您则有权拒绝或要求公司承担相应责任。以下是对此问题的详细分析：
一、从劳动合同和劳动关系的角度
在职期间，您与公司之间建立了劳动合同关系，双方均应按照合同约定和法律规定履行各自的义务。凭证作为您工作过程中的一部分记录，虽然其所有权可能归属于公司（如工作证、考勤记录等由公司制作并发放的凭证），但您作为员工，也有义务妥善保管这些凭证，以配合公司的正常管理和审计需要。然而，若公司因自身管理不善导致凭证丢失，并要求您补办，这并不直接构成您必须履行的法定义务，除非合同中有明确约定或公司能证明丢失非因您的故意或重大过失。
二、从实际补办凭证的可行性和合理性角度
补办凭证的可行性：
- 若补办凭证需要您投入大量时间、精力或费用，且这些投入并非您原本工作范围内应承担的，那么您有权要求公司承担相应的补偿或费用。
- 若补办凭证仅涉及简单的程序性操作，如重新打印一份考勤记录或工作证，且不会给您带来额外负担，那么从合作与和谐劳动关系的角度出发，您可以考虑配合公司补办。
补办凭证的合理性：
- 公司应证明其丢失凭证非因您的故意或重大过失，否则，您有权拒绝补办或要求公司承担相应责任。
- 若公司因丢失凭证而对您产生不利影响（如怀疑您的工作表现或考勤情况），您有权要求公司消除这些不利影响，并可能因此拒绝补办凭证，除非公司能提供充分证据证明其怀疑的合理性。
三、从法律后果和风险防范的角度
法律后果：
- 若您拒绝补办凭证，且公司无法证明其丢失非因您的故意或重大过失，公司一般难以直接追究您的法律责任。但若因此导致公司遭受损失（如因无法提供考勤记录而无法向客户证明服务时间），公司可能要求您承担一定的赔偿责任，这取决于具体情况和合同约定。
- 若您配合补办凭证，但公司因此产生了额外费用或损失（如因您补办凭证而耽误了其他工作），您一般无需承担赔偿责任，除非合同中有明确约定或您存在过错。
风险防范：
- 在决定是否配合补办凭证前，您可以与公司沟通了解补办的具体原因、目的和可能产生的后果。
- 若您决定配合补办，建议要求公司出具书面说明或确认函，明确补办凭证的原因、目的和双方的权利义务，以避免未来可能产生的纠纷。
- 若您决定拒绝补办或要求公司承担相应责任，建议保留相关证据（如公司丢失凭证的证明、您因此产生的损失或费用的证明等），以备未来可能需要的法律维权。
建议：在处理此类问题时，建议您首先与公司进行友好沟通，了解补办凭证的具体情况和原因。若公司能证明其丢失非因您的故意或重大过失，且补办凭证不会给您带来额外负担或损失，您可以考虑配合公司补办；若公司存在过错或补办凭证会给您带来不合理负担，您则有权拒绝或要求公司承担相应责任。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。