建筑工程施工合同被认定为无效合同之后，所约定的进度款条款原则上没有法律效力，但在特定情况下可能参照适用或作为损失赔偿的依据。以下是对此问题的详细分析：

一、合同无效的一般原则

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，无效的民事法律行为自始没有法律约束力。因此，当建筑工程施工合同被认定为无效时，该合同中的整体条款，包括进度款条款，原则上均不具有法律效力。这是因为进度款条款的存在基础是有效的合同，旨在保障合同履行过程中的资金支付。当合同本身被认定无效时，进度款条款便失去了其依附的法律基础。

二、特定情况下的参照适用

尽管合同整体无效，但在某些特定情况下，进度款条款可能因具备独立性或作为损失赔偿的依据而参照适用：

1. 工程经验收合格：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第七百九十三条，建设工程施工合同无效，但建设工程经验收合格的，可以参照合同关于工程价款的约定折价补偿承包人。这里的“工程价款”通常包括进度款。因此，在工程经验收合格的情况下，进度款条款可能作为折价补偿的依据而参照适用。

2. 清理结算条款的独立性：

   • 合同中的某些条款，如关于工程价款结算、材料设备归属及因合同无效导致的损失赔偿计算方法等，可能被视为清理结算条款而具有独立性。这些条款在不违反法律法规强制性规定的前提下，应认定为有效，并可能作为处理合同无效后事宜的依据。进度款条款如果与这些清理结算事项紧密相关，也可能被参照适用。

三、司法实践中的考量因素

在司法实践中，法院在判断进度款条款在合同无效时的效力时，会综合考虑以下因素：

1. 当事人的真实意思表示：

   • 如果当事人在签订合同时明确约定了即使合同无效，进度款条款仍有效，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，法院可能会尊重当事人的意思自治，认定这些条款有效。

2. 利益平衡：

   • 法院会审查进度款条款的内容是否合理、公平，能否平衡当事人之间的利益关系。如果进度款条款有助于弥补因合同无效给一方造成的损失，防止另一方获得不当利益，法院可能会认定其有效或参照适用。

3. 过错责任原则：

   • 如果合同无效是由于一方或双方的过错导致的，那么过错方可能需要承担相应的赔偿责任。在这种情况下，进度款条款可能作为确定损失赔偿范围或方式的参考依据。

四、实际操作建议

1. 签订合同时确保合法有效：

   • 在签订建筑工程施工合同时，应尽可能确保合同条款的合法有效性，避免后续纠纷。特别是关于进度款支付的条款，应明确、具体且符合法律法规的规定。

2. 合同无效时积极协商处理：

   • 如果合同被认定为无效，双方应积极协商处理工程款问题，包括进度款的支付和结算。必要时可以寻求法律途径解决争议。

3. 充分举证证明自身主张：

   • 在诉讼过程中，当事人应充分举证证明自身主张，包括过错程度、损失大小及因果关系等关键要素。这有助于法院更准确地判断进度款条款的效力或参照适用的可能性。

示例说明：

假设某建筑工程施工合同因违反法律法规的强制性规定而被认定为无效。但工程已经完工并经验收合格。在这种情况下，虽然合同整体无效，但根据《中华人民共和国民法典》第七百九十三条的规定，承包人仍有权请求参照合同关于工程价款的约定折价补偿。这里的“工程价款”通常包括进度款。因此，法院可能会根据合同中的进度款条款来确定折价补偿的金额和支付方式。

总结与建议：

建筑工程施工合同被认定为无效合同之后，所约定的进度款条款原则上没有法律效力。但在工程经验收合格或作为清理结算条款的情况下，可能参照适用或作为损失赔偿的依据。因此，在签订合同时应确保合法有效，并在合同无效时积极协商处理工程款问题。如有需要，可以直接向我咨询相关法律问题。