针对您提出的“非法经营员工怎么处理”这一问题，我会从法律角度为您详细解答，主要涉及员工在非法经营案件中的法律责任以及工资权益保障两个方面。
一、员工在非法经营案件中的法律责任
在非法经营案件中，员工是否构成犯罪以及应承担的法律责任，主要取决于其在犯罪中的角色、行为及主观故意。
构成犯罪的情形：
- 如果员工明知老板从事非法经营活动，仍然积极参与，为非法经营行为提供实质性帮助（如参与具体业务操作、提供技术支持、管理财务等），则可能会被认定为从犯。
- 对于从犯，根据《中华人民共和国刑法》第二十七条的规定，应当从轻、减轻处罚或者免除处罚。具体的刑罚会根据员工的实际行为、参与程度以及造成的后果等因素来确定。
不构成犯罪的情形：
- 如果员工并不知晓老板的行为属于非法经营，或者虽然知晓但未参与实质性的非法经营活动，只是从事一些与非法经营行为没有直接关联的工作（如普通的后勤保障、行政工作等），那么员工一般不构成犯罪，不会受到刑事处罚。
二、员工工资权益的保障
即使企业因非法经营被查处，员工的工资权益仍应受到法律的保护。以下是员工在工资权益受损时的维权步骤：
了解并确认情况：
- 员工应详细了解企业的非法经营情况及自身的工资支付状况，包括未支付的工资金额、支付时间等。
- 确认自己确实提供了劳动服务，且工资未得到全额支付。
与企业沟通协商：
- 员工可以尝试与企业管理层进行沟通，说明工资是合法所得，要求企业按劳动报酬支付规定发放工资。
- 沟通时建议采用书面形式，如电子邮件或短信，并保存好沟通记录，以备后续维权使用。
向劳动监察部门投诉：
- 若协商无果，员工应向当地劳动监察部门投诉，提交相关证据材料（如劳动合同、工资条、考勤记录等），以证明劳动关系及工资未支付的事实。
- 劳动监察部门将对企业进行调查，并有权责令企业支付拖欠的工资。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 若劳动监察部门的处理未能解决问题，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或根据仲裁结果向人民法院提起诉讼。
- 在仲裁或诉讼过程中，员工需要充分陈述诉求，并提供充分的证据支持自己的主张。
总结与建议：
非法经营是违法行为，无论是老板还是员工都应避免参与。对于员工而言，如果已经涉及其中，建议尽快咨询专业律师，了解自己的权利和义务以及可能的法律后果。同时，员工应积极采取合理合法的措施维护自身工资权益，如与企业沟通协商、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等。在选择就业时，员工也应仔细核查企业的合法性，选择合法、正规的企业就业，以保护自身权益。