在非法经营罪案件中，对于工作人员的处理是一个复杂且需要细致考量的问题，这主要取决于工作人员在非法经营行为中的具体行为、作用以及主观故意程度。以下是对这一问题的详细解答：
一、工作人员在非法经营中的行为与作用
直接参与非法经营行为：
- 如果工作人员明知单位从事非法经营活动，仍积极参与其中，如直接参与业务操作、协助管理资金、负责销售或采购等关键环节，那么他们可能被认定为共同犯罪。
- 在量刑时，司法机关会根据其在犯罪中的地位和作用，如是否为主犯、从犯等，进行区别对待。从犯通常会比照主犯从轻、减轻处罚或者免除处罚。
间接参与或不知情：
- 如果工作人员对非法经营行为并不知情，或者只是因工作失误等原因间接参与其中，并未起到关键作用，那么他们通常不构成犯罪。
- 但即便如此，他们也可能面临行政处罚，如被责令停止违法行为、没收违法所得，并处以罚款等。
二、工作人员可能面临的法律后果
刑事责任：
- 对于直接参与非法经营行为的工作人员，如果情节严重，可能面临有期徒刑、拘役，并处罚金或没收财产的刑事处罚。
- 特别是对于直接负责的主管人员或其他直接责任人员，处罚会更加严厉。
行政责任：
- 即便工作人员不构成犯罪，他们也可能因违反相关行政法规而面临行政处罚。
- 这些处罚可能包括责令改正、罚款、没收违法所得等。
三、司法机关的考量因素
在处理非法经营案件中的工作人员时，司法机关会综合考量多方面因素，包括但不限于：
- 岗位职责：工作人员在单位中的职位和职责，以及他们是否利用了这些职位和职责来参与非法经营。
- 参与程度：工作人员在非法经营行为中的具体参与程度，以及他们是否起到了关键作用。
- 获利情况：工作人员是否从非法经营行为中获得了利益，以及这些利益的多少。
- 是否知晓违法性质：工作人员是否知晓他们所参与的行为是违法的，以及他们的主观故意程度。
四、建议与注意事项
- 对于工作人员：如果发现自己所在单位存在非法经营行为，应立即停止参与，并向相关部门举报。同时，保留好相关证据，以备不时之需。
- 对于用人单位：应严格遵守法律法规，不得从事任何非法经营活动。同时，应加强对员工的法律教育和培训，提高他们的法律意识和风险防范能力。
综上所述，非法经营罪中工作人员的处理方式取决于他们在非法经营行为中的具体行为、作用以及主观故意程度。司法机关会综合考量多方面因素来做出判断，并依法进行处罚。