当劳动者以违反《劳动合同法》第38条为由解除劳动合同后，公司应当按照以下步骤进行处理：

一、确认解除合同的合法性

首先，公司需要仔细审查劳动者提出的解除合同理由，确认是否存在《劳动合同法》第38条所规定的情形。这些情形包括但不限于：

• 未按照劳动合同约定提供劳动保护或劳动条件；
• 未及时足额支付劳动报酬；
• 未依法为劳动者缴纳社会保险费；
• 用人单位的规章制度违反法律法规，损害劳动者权益；
• 因《劳动合同法》第二十六条第一款规定的情形致使劳动合同无效；
• 其他法律、行政法规规定的劳动者可以解除劳动合同的情形。

如果确实存在上述情形之一，那么劳动者解除合同是合法的。

二、处理后续事宜

1. 经济补偿：

   • 根据《劳动合同法》的规定，如果劳动者因公司违反第38条而解除合同，公司通常需要向劳动者支付经济补偿。经济补偿的具体数额根据劳动者在公司的工作年限和月工资水平来确定。

2. 工作交接：

   • 公司应与劳动者协商安排好工作交接事宜，确保工作的连续性和稳定性。劳动者有义务按照公司的要求完成交接工作。

3. 出具离职证明：

   • 公司应在劳动者离职后，及时为其出具离职证明，并注明离职原因和离职时间。这对于劳动者后续就业和办理相关手续非常重要。

4. 社保和公积金转移：

   • 公司需要按照相关规定，为劳动者办理社会保险和公积金的转移手续，确保劳动者的权益不受损害。

5. 其他相关手续：

   • 根据公司的具体情况和劳动者的岗位特点，可能还需要办理其他相关手续，如退还工作服、工作证等。

三、避免类似情况再次发生

最后，公司应当从这次事件中吸取教训，加强内部管理，确保严格遵守《劳动合同法》和相关法律法规的规定，避免类似情况再次发生。例如，可以加强劳动保护、及时支付劳动报酬、依法缴纳社会保险费等，以维护劳动者的合法权益和公司的稳定发展。

综上所述，当劳动者以违反《劳动合同法》第38条为由解除劳动合同后，公司应当积极应对，妥善处理后续事宜，并加强内部管理以避免类似情况再次发生。