结论：在仲裁程序中未提出时效抗辩，而在初审（即诉讼程序的一审）中提出时效抗辩的，其效力需根据具体情况判断，但一般情况下，若仲裁机构未就时效问题作出实质性裁决，当事人在初审中提出时效抗辩是有效的。以下从不同角度进行详细分析：
一、仲裁与诉讼中时效抗辩的独立性
仲裁程序中的时效抗辩：
- 在仲裁程序中，当事人有权提出时效抗辩，这是其法定权利。
- 仲裁机构在受理案件后，会根据双方提供的证据和法律规定，对案件进行审理，包括时效问题的审查。
- 如果仲裁机构在裁决中明确认定了时效问题，并据此作出了裁决，那么该裁决对双方具有约束力，当事人在后续的诉讼程序中一般不能再就时效问题提出抗辩。
诉讼程序中的时效抗辩：
- 在诉讼程序中，被告同样有权提出时效抗辩。
- 如果仲裁机构未就时效问题作出实质性裁决（即裁决中未明确提及或未对时效问题进行具体审查），那么当事人在诉讼程序的一审中提出时效抗辩是有效的。
- 法院会根据双方提供的证据和法律规定，对时效问题进行独立审查，并据此作出判决。
二、法律依据与司法实践
法律依据：
- 虽然具体的法律条文可能因地区和法律体系的不同而有所差异，但一般原则是，时效抗辩是当事人的法定权利，可以在诉讼或仲裁程序中提出。
- 在仲裁与诉讼衔接的场合，如果仲裁机构未就时效问题作出实质性裁决，诉讼程序中的法院应独立审查时效问题。
司法实践：
- 在司法实践中，法院通常会尊重仲裁机构的裁决，但如果仲裁机构未就时效问题作出实质性裁决，法院会重新审查时效问题。
- 例如，在某些案件中，仲裁机构可能因当事人未明确提出时效抗辩或证据不足而未对时效问题进行审查，此时法院在诉讼程序中会允许当事人提出时效抗辩，并根据证据和法律规定作出判断。
三、特殊情况下的处理
仲裁裁决已涉及时效问题：
- 如果仲裁裁决已经明确涉及了时效问题，并据此作出了裁决，那么当事人在后续的诉讼程序中一般不能再就时效问题提出抗辩。
- 此时，如果当事人对仲裁裁决不服，应通过申请撤销仲裁裁决或不予执行仲裁裁决等法定程序来寻求救济。
当事人恶意利用时效抗辩：
- 在极少数情况下，如果当事人恶意利用时效抗辩来逃避法律责任，法院可能会根据具体情况对其抗辩进行限制或驳回。
- 这通常涉及对当事人主观恶意的判断和对法律公平原则的维护。
四、建议与风险提示
及时提出时效抗辩：
- 无论是仲裁还是诉讼程序，当事人都应及时提出时效抗辩，以免因超过时效期间而丧失胜诉权。
保留相关证据：
- 当事人应保留与时效问题相关的所有证据，以便在仲裁或诉讼程序中证明自己的主张。
咨询专业律师：
- 由于时效问题涉及复杂的法律判断和证据审查，建议当事人在遇到相关问题时咨询专业律师，以获取更准确的法律意见和诉讼策略。
如有任何关于仲裁、诉讼或时效问题的疑问，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供详细的法律解答和诉讼策略建议。