将两间商铺打通是否合法，这主要取决于是否满足相关法律法规的要求以及是否获得了必要的许可。以下从几个关键角度为你详细分析：
规划与建筑许可角度：
- 根据《城乡规划法》和《建筑法》的相关规定，任何对建筑物进行改建、扩建或改变其使用性质的行为，都需要事先获得城乡规划部门和建设主管部门的批准。这意味着，如果你打算将两间商铺打通，首先需要确认这一行为是否符合当地的城乡规划，并且需要向相关部门申请并获得改建许可。
- 具体流程：通常包括提交申请、提供设计图纸、经过审批等步骤。如果未经批准擅自进行打通，可能会面临责令停止建设、限期改正、罚款等行政处罚，甚至可能面临拆除等更严重的后果。
房屋结构安全角度：
- 打通两间商铺可能会涉及到对房屋结构的改动，这必须确保不会影响房屋的整体结构安全。根据《建筑法》和《建设工程质量管理条例》，任何对房屋结构的改动都需要由具有相应资质的设计单位进行设计，并由具有相应资质的施工单位进行施工。
- 建议：在进行打通之前，应委托专业的结构工程师对房屋进行评估，确保改动不会危及房屋安全。同时，施工过程中也应严格遵守相关安全规范，确保施工质量和安全。
相邻权与物业管理角度：
- 打通商铺还可能涉及到相邻权的问题，即你的改动是否会对相邻商铺的正常使用造成影响。根据《民法典》中关于相邻关系的规定，不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。
- 物业管理：此外，如果你所在的商铺位于物业管理区域内，还需要遵守物业管理规定，可能需要获得物业公司的同意或办理相关手续。
消防安全角度：
- 打通商铺还可能涉及到消防安全的问题。根据《消防法》的规定，任何对建筑物进行改建、扩建或改变其使用性质的行为，都需要确保符合消防安全要求。
- 建议：在进行打通之前，应咨询当地消防部门，了解相关的消防安全要求，并确保改动后的商铺符合这些要求。
总结与建议：
- 将两间商铺打通是否合法，需要综合考虑规划与建筑许可、房屋结构安全、相邻权与物业管理以及消防安全等多个方面。
- 在进行打通之前，建议你先咨询当地的城乡规划部门、建设主管部门、消防部门以及物业公司，了解相关的法律法规和规定，并办理必要的许可和手续。
- 如果你对具体的法律程序或要求不清楚，或者遇到了相关的法律问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。