一间商铺拥有两个营业执照是否合法，这取决于商铺的实际情况、功能划分以及当地工商行政管理部门的相关规定。以下从多个角度为您详细分析：
一、通常情况下的原则
在一般情况下，为保证市场监管的有序性和准确性，避免经营主体信息混乱，一个经营场所原则上只能登记一个市场主体，即办理一个营业执照。这是因为多个营业执照可能导致税务申报、监管执法等方面的矛盾和管理难题。
二、特殊合法情形
尽管有上述一般原则，但在以下特殊情况下，一间商铺可以合法地拥有两个或更多营业执照：
不同类型执照：
- 若商铺同时办理一个企业法人营业执照和一个个体工商户营业执照，且分别用于不同的经营项目和法律关系，在符合相关规定和程序的前提下是合法的。例如，企业法人执照用于商铺整体的品牌运营和主要业务，个体工商户执照则用于商铺内某个特定小项目的经营，该项目需独立核算并符合个体工商户登记条件。
分公司情况：
- 如果商铺是总公司与分公司的关系，且总公司在此地址注册的同时设立分公司，那么分别办理营业执照也是合法的。分公司虽不具有独立法人资格，但可以领取营业执照并以自己的名义从事经营活动，其民事责任由总公司承担。
物理间隔与独立地址：
- 若商铺被物理上间隔成了两个或多个独立的经营区域，且每个区域都有独立的进出口，则可视为不同地址，分别申请营业执照。尽管可能共用一个门牌号码，但通过如“xx路xx号之一”和“xx路xx号之二”的细分地址来区分，不违反“一个地址只能办理一个营业执照”的规定。
一址多照政策：
- 部分地方为鼓励创业、促进经济发展，出台了“一址多照”政策。在符合特定条件和经过相关审批程序的前提下，允许同一地址注册多个市场主体。这通常适用于从事电商、创意设计等行业的小微企业或个体工商户，前提是不影响其他市场主体正常经营，并满足安全、环保等要求。
三、合规要求与注意事项
经营范围明确：
- 每个营业执照上的经营方式和经营范围必须明确，并涵盖该区域实际从事的生意项目。
合规经营：
- 拥有多个营业执照的商铺需确保每个营业执照下的经营活动都符合税务、消防、卫生等法律法规的要求。
咨询与确认：
- 在不确定自身情况是否允许办理多个营业执照时，建议向当地市场监督管理部门详细咨询，以避免因违规操作而面临处罚。
四、实际操作建议
全面评估：
- 在决定办理多个营业执照前，对商铺的实际情况进行全面评估，确保面积、设施等条件能满足两个不同经营项目的需求，并符合安全标准和规定。
了解政策：
- 咨询当地相关部门或专业机构，了解具体法律法规和政策要求，确保合规操作。
准备材料：
- 根据当地市场监督管理部门的要求，准备必要的申请材料，如身份证明、经营场所证明、经营范围说明等。
总结来说，一间商铺在符合特定条件和规定的情况下，可以合法地拥有两个或更多营业执照。但务必确保每个营业执照都对应独立的经营区域或法律关系，并严格遵守相关法律法规及市场监管部门的要求。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。