结论前置：员工旷工扣工资的法律依据主要来源于《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》以及原劳动部《工资支付暂行规定》等相关法律法规。企业应在合法合规的前提下，通过制定明确、合理且经过民主程序并公示的规章制度来确定旷工的处理方式和工资扣除标准。
详细分析：
《中华人民共和国劳动法》的相关规定：
- 第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这奠定了工资支付的基本原则，即工资应当按时足额支付。
- 第四十七条：用人单位根据本单位的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平。这为用人单位制定奖惩制度提供了法律基础，允许用人单位在合法合规的前提下，根据自身情况制定旷工扣工资等规定。
《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定：
- 第四条：用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。涉及劳动者切身利益的规章制度应经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并公示或告知劳动者。这为制定旷工扣工资等规定提供了程序上的要求，确保规章制度的合法性和合理性。
- 第三十九条：劳动者严重违反用人单位规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。若旷工行为被界定为严重违纪，且规章制度经过合法程序制定和公示，则用人单位可据此解除劳动合同，这也间接支持了用人单位对旷工行为进行处罚的合法性。
《工资支付暂行规定》的相关规定：
- 第十六条：因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按劳动合同约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。这一条款为旷工扣工资提供了具体的操作依据，即扣除工资应有限度，不得侵犯劳动者的基本生活权益。
实际操作中的注意事项：
- 规章制度的重要性：企业在处理旷工问题时，应依据自身制定的内部规章制度。这些规章制度应明确规定旷工的定义、处理流程、扣款标准等内容，并确保其合理性和合法性。规章制度的制定应遵循民主程序，即经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并公示或告知劳动者。
- 扣工资的限制：在扣除工资时，企业应确保扣除后的工资不低于当地最低工资标准，以维护员工的合法权益。同时，扣除的数额应与旷工行为的性质、情节以及给用人单位造成的损失相适应，不能过度扣除。
- 地方和行业法规的遵守：企业还应关注并遵守各地方和行业的相关法规，以确保在处理旷工问题时的全面合规性。不同地区和行业可能有不同的具体规定和标准，企业应予以注意。
举例说明：
假设某企业规定，员工旷工一天将扣除当天工资的200%（即不支付当天工资并额外扣除一天工资作为处罚），且未经过民主程序制定和公示。这样的规定显然是不合法的，因为扣除的数额超过了劳动者当月工资的20%（假设旷工一天不足以造成如此大的经济损失），且未遵循民主程序。正确的做法应该是，企业制定合理的旷工扣工资规定，如旷工一天不支付当天工资，并确保该规定经过民主程序制定和公示。
综上所述，员工旷工扣工资的问题需综合考虑法律法规、企业内部规章制度以及实际操作中的多个方面。企业应在确保合法合规的前提下，制定明确、合理的规章制度，并严格按照规定执行，以保障企业和员工的双方权益。如果您在工伤赔偿或交通事故领域有任何法律问题，欢迎直接向我咨询。