结论：以房抵工程款协议被认定无效后，利息是否可以主张加倍，需根据具体情况判断，一般情况下不能直接主张加倍利息，但可主张资金占用期间的合理利息损失。以下从不同角度详细分析：
一、协议无效的法律后果
根据《民法典》的相关规定，无效的民事法律行为自始没有法律约束力。因此，以房抵工程款的协议一旦被认定无效，双方基于该协议取得的财产应当予以返还。对于工程款支付方而言，这意味着需要返还房屋（若房屋已过户则需配合办理回转登记）；对于施工方而言，则需要返还已收取的房屋或折价款。
二、利息主张的法律依据
资金占用期间的利息损失：
- 在协议无效的情况下，施工方因工程款未得到及时支付而遭受了资金占用期间的利息损失。这种损失是实际发生的，且与工程款支付方的违约行为（或无效行为）具有因果关系。
- 因此，施工方有权要求工程款支付方赔偿资金占用期间的合理利息损失。该利息损失通常按照中国人民银行同期同类贷款利率或全国银行间同业拆借中心公布的贷款市场报价利率（LPR）计算。
加倍利息的适用性：
- 加倍利息通常适用于迟延履行期间的债务利息，如《民事诉讼法》第二百六十四条规定的“被执行人未按判决、裁定和其他法律文书指定的期间履行给付金钱义务的，应当加倍支付迟延履行期间的债务利息”。
- 然而，在以房抵工程款协议无效的情境下，并不直接涉及迟延履行的问题，而是协议本身的无效导致的财产返还和损失赔偿问题。因此，一般情况下不能直接主张加倍利息。
三、特殊情况下的利息主张
若存在恶意串通或欺诈行为：
- 如果工程款支付方与施工方在签订以房抵工程款协议时存在恶意串通或欺诈行为，导致协议无效，且该行为给施工方造成了额外损失（如因信赖协议有效而放弃的其他交易机会等），则施工方可能有权要求工程款支付方承担更重的赔偿责任，包括可能的惩罚性赔偿（但加倍利息通常不属于惩罚性赔偿的范畴）。
若协议中约定了违约金或利息条款：
- 如果以房抵工程款协议中明确约定了违约金或利息条款，且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，那么在协议无效后，双方可能仍需就违约金或利息的支付问题进行协商或诉讼。但需要注意的是，由于协议整体无效，违约金或利息条款的效力也可能受到质疑，具体需根据案件情况判断。
四、实务建议
收集证据：
- 施工方应收集与以房抵工程款协议相关的所有证据，包括协议文本、工程款支付记录、房屋过户手续等，以证明协议的存在、履行情况及无效原因。
咨询专业律师：
- 由于利息主张涉及复杂的法律计算和证据收集问题，建议施工方在主张利息前咨询专业律师，以制定合理的诉讼策略并确保自身权益得到充分保障。
考虑和解或调解：
- 在诉讼过程中，双方也可以考虑通过和解或调解的方式解决纠纷，以节省诉讼成本和时间。在和解或调解协议中，可以明确约定利息的支付方式和金额。
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