结论：未经竣工验收擅自投入使用的，罚款是按照工程合同价款的比例来计算的，而非按照投入使用部分的造价处罚。具体来说，建设单位将面临工程合同价款2%以上4%以下的罚款。

详细分析：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国建筑法》第六十一条及《建设工程质量管理条例》第十六条的规定，建筑工程必须经验收合格后方可交付使用，未经验收或者验收不合格的，不得交付使用。这是认定未竣工验收擅自投入使用行为违法性的重要法律基础。
   • 《建设工程质量管理条例》第五十八条进一步明确了处罚措施，对于未组织竣工验收、擅自交付使用，或验收不合格擅自交付使用，或对不合格的建设工程按合格工程验收的行为，将责令建设单位改正，并处以工程合同价款2%以上4%以下的罚款；若造成损失，还需依法承担赔偿责任。

2. 罚款计算方式：

   • 罚款金额的计算是基于工程合同价款的比例，而非投入使用部分的造价。这意味着，无论建设单位实际投入使用的是工程的哪一部分，罚款都是按照整个工程的合同价款来计算的。
   • 例如，如果一个工程的合同价款为1000万元，那么建设单位可能面临的罚款金额将在20万元至40万元之间。

3. 其他法律后果：

   • 除了罚款外，建设单位还可能面临责令改正、民事赔偿以及刑事责任等法律后果。如果未竣工验收擅自投入使用的行为导致损失，建设单位还需依法承担民事赔偿责任。
   • 在极端情况下，如果未竣工验收擅自投入使用的行为构成犯罪，建设单位还可能面临刑事责任的追究。

4. 合规建议：

   • 为了避免不必要的法律风险和经济损失，建设单位应严格遵守相关法律法规，确保建设工程经过合法验收后再投入使用。
   • 在验收过程中，建设单位应组织设计、施工、工程监理等有关单位进行联合验收，并确保验收文件齐全，避免因手续不全被认定为擅自使用。

总结与建议：

未经竣工验收擅自投入使用是严重的违法行为，不仅将面临高额罚款和整改压力，还可能引发质量纠纷和法律风险。因此，我建议所有相关单位在建筑物竣工后，务必按照规定的程序进行验收，确保建筑物的安全性和合规性。如果您在建设工程合同纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。