迟到多次扣绩效工资是否合法，并非一概而论，而是取决于多个因素，包括用人单位的规章制度、劳动合同的约定以及扣减的合理性。以下是对这一问题的详细分析：
一、合法扣除的情况
规章制度明确规定：
- 用人单位依法制定的规章制度中，必须明确将迟到行为与绩效工资挂钩，并详细规定扣减办法。例如，公司可以规定每月迟到3次以内扣绩效分5分，3次以上每次扣10分。
- 该规章制度需通过民主程序制定，如经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并已向劳动者公示或告知。只有经过这样的程序，规章制度才对劳动者具有约束力。
劳动合同有相关约定：
- 劳动合同中应包含关于迟到与绩效工资关系的明确条款。例如，劳动合同中可以写明“若劳动者每月迟到累计达到X次，用人单位有权按照一定比例扣减绩效工资”。
- 该条款不得违反法律法规的强制性规定，且应确保劳动者的基本权益不受损害。
扣除幅度合理：
- 即使规章制度或劳动合同中有相关规定，扣减绩效工资的幅度也必须合理。一般来说，扣除的部分通常不得超过劳动者当月工资的20%（具体比例可能因地区而异，需参照当地劳动法规）。
- 扣除后的工资应不低于当地最低工资标准，以确保劳动者的基本生活需求。
二、不合法扣除的情况
规章制度不合法：
- 若用人单位的规章制度未经民主程序制定，或未向劳动者公示告知，则该规章制度对劳动者不具有约束力。例如，公司新出台迟到扣绩效工资的规定，但未经过职工大会讨论或公示，则此规定无效。
无相关约定或规定：
- 如果规章制度或劳动合同中未明确规定迟到可以扣绩效工资，则用人单位不得随意扣除。在这种情况下，用人单位应寻找其他合理的奖惩方式，而不是直接扣减绩效工资。
扣除幅度不合理：
- 即使规章制度或劳动合同中有规定，但如果扣减幅度明显不合理，如迟到一次就扣掉当月一半绩效工资，这种过度的扣减可能被认定为不合法。过度的扣减不仅损害了劳动者的权益，也可能影响用人单位的声誉和员工的工作积极性。
三、员工权益保护
- 如果劳动者认为用人单位扣绩效工资的行为不合法，首先应与用人单位进行沟通协商，要求其说明扣工资的依据和合理性。在沟通过程中，劳动者可以保留相关证据，如工资条、规章制度等，以备后续维权之需。
- 协商不成时，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。劳动监察部门或劳动仲裁机构将依法对用人单位的行为进行审查，并作出公正的裁决。
四、综合建议
- 对于用人单位：在制定相关规章制度时，必须确保内容合法、程序正当，并充分尊重员工的合法权益。同时，用人单位应定期对规章制度进行审查和更新，以确保其符合法律法规的要求和实际情况的变化。
- 对于劳动者：应了解自己的权益和义务，在必要时依法维护自己的合法权益。如果遇到用人单位不合法扣减绩效工资的情况，劳动者应勇敢站出来维权，不要害怕或妥协。
总之，迟到多次扣绩效工资是否合法取决于多个因素的综合考量。用人单位在制定和执行相关规章制度时，应确保合法性和合理性；劳动者在遇到不合法扣减时，也应积极采取措施维护自己的权益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。