在职务犯罪案件中，被告人对部分指控当庭翻供（或翻案）的，司法机关将根据证据规则、诉讼程序及法律规定进行审查和处理，具体处理方式需结合翻供的动机、证据情况及案件阶段综合判断。以下从法律程序、证据审查、量刑影响三个维度展开分析：

一、法律程序层面：翻供的合法性审查与程序推进

1. 翻供的合法性认定
   根据《刑事诉讼法》第55条，被告人翻供需满足“证据确实、充分”的标准。若翻供内容与在案证据（如物证、书证、证人证言、电子数据等）存在根本性矛盾，且无合理理由或新证据支持，司法机关可依法不予采信。例如，被告人此前承认受贿，庭审中翻供称“钱款为借款”，但无法提供借款合同、还款记录等证据，且行贿人证言稳定，则翻供可能被认定为不实陈述。

2. 程序推进规则

   • 侦查阶段翻供：若被告人在侦查阶段已认罪，庭审中翻供，检察机关需补充证据证明翻供的虚假性（如同步录音录像、审讯合法性证明等）。
     
   • 审判阶段翻供：法院将启动“证据审查程序”，要求控方对翻供内容逐一反驳，并可能通知关键证人出庭作证。若翻供导致事实不清，法院可依据《刑事诉讼法》第200条，以“证据不足、指控犯罪不能成立”判决无罪，或建议检察机关补充侦查。

二、证据审查层面：翻供与在案证据的冲突解决

1. 翻供的证据效力
   翻供本身不直接否定原有供述的效力，司法机关需综合全案证据判断。例如：

   • 若原有供述有同步录音录像、被告人签字确认，且与其他证据（如行贿人供述、资金流向记录）相互印证，翻供可能被认定为“避重就轻”。
     
   • 若翻供内容有新证据支持（如证明钱款为合法借款的银行流水），且原有供述存在刑讯逼供等非法取证情形，翻供可能被采信。

2. 非法证据排除规则
   若被告人主张翻供是因刑讯逼供、威胁、引诱等非法手段所致，法院将启动“非法证据排除程序”。根据《刑事诉讼法》第58条，被告人需提供涉嫌非法取证的人员、时间、地点等线索，法院将调查核实。若查证属实，原有供述将被排除，翻供可能成为定案依据。

三、量刑影响层面：翻供对最终判决的作用

1. 翻供成功的影响
   若翻供内容被采信，可能导致部分指控不成立或罪名变更。例如：

   • 原指控为“贪污罪”（数额特别巨大，刑期10年以上），翻供后认定为“挪用公款罪”（数额较大，刑期5年以下），量刑将大幅减轻。
     
   • 原指控为“受贿罪”（多笔受贿），翻供后部分款项被认定为“合法收入”，受贿数额减少，基准刑降低。

2. 翻供失败的风险
   若翻供被认定为虚假陈述，可能影响被告人的认罪态度评价。根据《刑法》第67条及司法实践，真诚悔罪、如实供述是量刑从宽的重要情节。翻供可能导致：

   • 丧失“坦白”“自首”等量刑优惠；
     
   • 若翻供内容被认定为“翻供耍赖”，可能被法院认定为“无悔罪表现”，在量刑时酌情从重处罚。

实务建议：被告人翻供的应对策略

1. 评估翻供的合理性：翻供需有事实依据（如新证据、原有供述存在矛盾）或法律理由（如非法取证），避免盲目翻供导致量刑风险。
   
2. 配合司法机关调查：若主张翻供因非法取证，需及时向法院、检察院提出排除非法证据申请，并配合调查程序。
   
3. 申请关键证人出庭：若翻供内容涉及证人证言，可申请证人出庭接受质证，增强翻供的可信度。
   

职务犯罪案件中，翻供是被告人的诉讼权利，但其效力需经司法机关严格审查。建议被告人及家属在翻供前充分评估证据情况，必要时委托律师协助制定诉讼策略，以最大限度维护合法权益。 如有具体案件细节，可进一步向我咨询。