结论：员工入职资料不全，公司不一定会面临罚款，但可能会面临一定的法律风险和不利后果，具体取决于资料缺失的类型、当地劳动法规的要求以及公司的管理情况。
分析说明：
法规层面：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关劳动法规，用人单位在招聘员工时，有权要求员工提供必要的入职资料，如身份证明、学历证明、职业资格证书等。这些资料是用人单位了解员工基本情况、进行合法用工管理的重要依据。
- 若员工未提供完整的入职资料，用人单位可以要求员工补充提供。但法规并未直接规定，员工入职资料不全时，公司必须面临罚款。罚款通常不是针对此类情况的直接法律后果。
法律风险与不利后果：
- 用工风险：员工入职资料不全可能导致公司在用工管理上存在漏洞，如无法确认员工的真实身份、学历或职业资格等，这可能影响公司的正常运营和用工安全。
- 劳动争议风险：若因员工入职资料不全导致后续劳动争议（如工资纠纷、社保纠纷等），公司可能因无法提供充分证据而面临不利后果。
- 行政处罚风险：虽然直接罚款不是常见后果，但若公司因员工入职资料不全而违反了其他劳动法规（如未按规定进行员工信息登记等），则可能面临劳动行政部门的处罚，如警告、责令改正等。
公司管理层面：
- 公司应建立完善的入职管理制度，明确要求员工提供哪些入职资料，并在员工入职时进行严格审核。
- 若员工未提供完整资料，公司应及时与员工沟通，要求其补充提供，并保留好相关沟通记录。
- 公司还可以考虑在劳动合同中明确约定员工未提供完整入职资料的后果，以增强管理的有效性。
特殊场景：
- 在某些特定行业或岗位（如金融、医疗等），对员工的入职资料要求可能更为严格。若员工未提供符合行业要求的入职资料，公司可能面临更严重的法律风险和行业监管处罚。
行动建议：
- 公司应加强对员工入职资料的管理，确保员工提供完整、真实的入职资料。
- 若发现员工入职资料不全，公司应及时与员工沟通并要求其补充提供，同时保留好相关证据。
- 公司还可以考虑咨询专业律师或劳动行政部门，了解当地劳动法规的具体要求，以确保公司用工管理的合法性和有效性。
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