当员工已经离职但还申请了劳动仲裁时，作为用人单位，您应当采取积极、有序的态度来应对，以确保自身合法权益得到妥善维护。以下是我为您提供的详细处理步骤和法律建议：

一、明确仲裁事项与请求

首先，您需要仔细研读劳动仲裁委员会发来的通知，全面了解员工提出的仲裁请求及其所依据的事实和理由。这可能包括要求支付拖欠的工资、经济补偿金、未休年假工资等具体诉求。明确这些事项后，您才能有针对性地准备应对策略。

二、全面收集与整理证据

证据是劳动仲裁中的关键。您应围绕员工的仲裁请求，积极收集并整理对自己有利的证据材料。这些证据可能包括：

• 劳动合同：证明双方劳动关系的存在及约定的权利义务。
• 工资支付记录：如工资条、银行转账记录，以证明工资已按时足额支付。
• 考勤记录：用于核实员工的工作时间，特别是涉及加班工资争议时。
• 规章制度及告知记录：证明员工知晓并应遵守的用人单位规章制度。
• 离职文件：包括辞职信、离职交接表等，以证明员工主动辞职的事实及原因。

请确保所有证据的真实性、合法性和关联性，避免使用虚假或不实的证据，以免对自身造成不利影响。

三、寻求专业法律咨询

劳动法律关系相对复杂，因此在应对劳动仲裁时，建议您咨询专业的劳动法律师。律师能够根据您的具体情况，对案件进行深入分析，评估法律风险，并提供针对性的应对策略和建议。这将有助于您更好地维护自身权益。

四、撰写并提交答辩书

根据劳动仲裁委员会的要求，您需要在规定时间内提交书面答辩书。答辩书应针对员工的仲裁请求和理由进行逐一回应，阐明您的观点和事实依据。内容需清晰、逻辑严谨，并引用相关法律法规来支持自己的观点。这将有助于仲裁委员会更全面地了解案件情况，作出公正裁决。

五、参加仲裁庭审

• 准时出庭：按照通知的时间和地点准时参加庭审，避免因无正当理由拒不到庭而被视为放弃答辩和举证权利。
• 遵守纪律：在庭审中尊重仲裁员和其他参与人，遵守庭审秩序，保持良好的庭审形象。
• 陈述观点与举证：清晰、准确地陈述您的观点和理由，出示收集的证据，并对员工提供的证据进行质证。这将有助于仲裁委员会更准确地判断案件事实。
• 参与辩论与调解：在辩论环节积极发言，阐述自己的立场和理由。同时，考虑仲裁委员会组织的调解，如调解方案合理且符合您的利益，可考虑接受以节省时间和成本。

六、执行裁决或进一步维权

• 履行裁决：若仲裁裁决支持员工的部分或全部请求，且您无异议，应在规定时间内履行裁决义务，以维护自身信誉和避免进一步法律纠纷。
• 提起诉讼：如对仲裁裁决不服，您可在规定期限内向人民法院提起诉讼。在决定是否提起诉讼前，请仔细评估诉讼的成本、风险及可能带来的法律后果，确保决策合理且可行。

七、加强内部管理与预防

最后，建议您加强内部管理和制度建设，规范劳动用工行为，以预防劳动争议的发生。通过定期培训、完善规章制度、建立有效的沟通机制等措施，营造和谐稳定的劳动关系环境，减少类似纠纷的再次发生。

综上所述，面对员工的劳动仲裁申请，您应积极应对、全面准备、依法维权，并确保内部管理的规范性和合规性。希望这些建议能对您有所帮助。