案件进入审查起诉阶段后，若发现犯罪嫌疑人还有其他罪行，司法机关会依法将新发现的罪行并入原案件进行审查起诉，或根据具体情况分案处理。具体分析如下：

1. 新罪行与原罪行属于同种罪行
   若新发现的罪行与原审查起诉的罪行属于同一种类（例如原指控为盗窃罪，又发现其他盗窃事实），司法机关通常会将新罪行并入原案件一并审查起诉。此时，检察机关会补充起诉意见书，将新增罪行纳入指控范围，犯罪嫌疑人将面临更重的量刑（根据《刑事诉讼法》第176条及司法解释，同种罪行可合并处理）。

2. 新罪行与原罪行属于不同种罪行
   若新罪行与原罪行性质不同（例如原指控为诈骗罪，又发现故意伤害事实），司法机关可能分两种方式处理：

   • 合并处理：若新罪行情节较轻，或与原罪行存在关联性（如基于同一犯罪动机），可能并入原案件审查起诉；
     
   • 分案处理：若新罪行情节严重、证据复杂，或需单独侦查，司法机关可能先对原罪行提起公诉，再对新罪行另行立案侦查、审查起诉（根据《人民检察院刑事诉讼规则》第423条，分案处理需以不损害当事人权益为前提）。

3. 特殊情形：新罪行需退回补充侦查
   若新罪行证据不足或需进一步调查，检察机关可能将案件退回公安机关补充侦查，要求对新罪行补充证据后再移送审查起诉（根据《刑事诉讼法》第175条，补充侦查期限为1个月，以2次为限）。

对犯罪嫌疑人的影响：

• 程序上：审查起诉期限可能延长（补充侦查后重新计算期限），导致案件审理周期变长；
  
• 实体上：若新罪行成立，犯罪嫌疑人将面临数罪并罚，量刑可能显著加重（根据《刑法》第69条，有期徒刑总和刑期不满35年的，最高不超过20年；总和刑期35年以上的，最高不超过25年）。

建议：
若您或家属涉及此类情况，需重点关注检察机关补充起诉的内容，及时委托律师阅卷、分析新罪行的证据链是否完整，并评估数罪并罚对量刑的影响。如有疑问，可直接向我咨询具体案件的应对策略。