镇规划区内的违法建筑主要由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门管理，但在特定情形下，乡镇人民政府、城市管理综合行政执法部门或土地管理部门也可能承担管理职责。以下是对这一问题的详细分析：

一、城乡规划部门的管理职责

• 适用情形：根据《中华人民共和国城乡规划法》的相关规定，城乡规划部门负责城市、镇规划区内建筑物、构筑物等工程建设的规划许可和管理工作。对于未取得建设工程规划许可证或未按许可证规定进行建设的行为，城乡规划部门有权责令停止建设，并根据情况采取限期改正、罚款、限期拆除或没收实物及违法收入等措施。
• 实例说明：若镇规划区内的开发商或个人未经规划许可擅自搭建房屋或改变建筑物外立面，即由城乡规划部门进行监管和查处。

二、乡镇人民政府的管理职责

• 适用情形：在乡、村庄规划区内，若存在未依法取得乡村建设规划许可证或未按许可证规定进行建设的行为，乡镇人民政府有权进行管理。
• 法律依据：《中华人民共和国城乡规划法》第六十五条规定，此类违法行为由乡、镇人民政府责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除。
• 实例说明：若镇规划区内的村民未经许可在宅基地外私自搭建附属建筑，乡镇人民政府有权进行管理和处理。

三、城市管理综合行政执法部门的管理职责

• 适用情形：部分城市通过地方立法或行政授权，将原本由规划部门行使的对违法建筑的行政处罚权等职能集中交由城市管理综合行政执法部门行使。因此，在镇规划区内，若存在违反市容市貌、影响城市环境的违规搭建行为，城市管理综合行政执法部门也可能承担管理职责。
• 实例说明：若镇规划区内的街边商户私自搭建遮阳棚或违法扩建经营用房，城市管理综合行政执法部门有权进行查处和拆除。

四、土地管理部门的管理职责

• 适用情形：当违法建筑涉及非法占用土地时，如未经批准或骗取批准非法占用土地进行建设，土地管理部门将承担管理职责。
• 法律依据：《中华人民共和国土地管理法》第七十七条规定，此类违法行为由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，并视情况采取限期拆除、没收建筑物、罚款等措施。
• 实例说明：若镇规划区内的企业未经土地管理部门批准擅自占用农用地建设厂房，即属土地管理部门查处范围。

五、建议与提醒

• 了解当地法规：由于不同地区的法律法规和政策可能存在差异，因此建议首先了解当地的具体规定和政策要求。
• 及时咨询与处理：若发现镇规划区内存在违法建筑，建议及时向相关部门咨询并报告，以便及时处理和避免不必要的法律风险。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供更为详细和专业的法律建议。