结论：非法侵入无人居住住宅并改建后出租牟利，同时起诉房子使用费的行为，确实涉及刑民交叉的问题。这既可能构成刑事犯罪，也可能引发民事纠纷，两者在法律上相互交织。
一、刑事犯罪角度
非法侵入住宅罪：
- 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，非法侵入他人住宅的，构成非法侵入住宅罪。这里的“住宅”不仅包括有人居住的住宅，也包括无人居住但仍有居住功能的住宅。因此，非法侵入无人居住的住宅，同样可能构成此罪。
- 如果行为人不仅非法侵入住宅，还对该住宅进行了改建并出租牟利，这进一步加重了其违法性和社会危害性，可能面临更严厉的刑事处罚。
盗窃罪或其他相关犯罪：
- 如果行为人在非法侵入住宅的过程中，还窃取了住宅内的财物，或者以其他方式非法占有了住宅内的财物，那么还可能构成盗窃罪或其他相关犯罪。
- 此外，如果行为人通过非法手段获取住宅的钥匙或密码等，以便后续非法侵入和出租，这也可能构成其他犯罪，如非法获取计算机信息系统数据罪等。
二、民事纠纷角度
房屋使用费纠纷：
- 行为人非法侵入住宅并改建后出租，实际上是在未经房屋所有权人同意的情况下，擅自使用了房屋。因此，房屋所有权人有权要求行为人支付房屋使用费。
- 房屋使用费的计算通常基于房屋的市场租金价值，以及行为人实际使用房屋的时间等因素。
侵权责任纠纷：
- 行为人的非法侵入和改建行为，可能对房屋造成损坏或贬值，从而侵害了房屋所有权人的财产权益。因此，房屋所有权人有权要求行为人承担侵权责任，包括赔偿损失等。
三、刑民交叉的处理
刑事优先原则：
- 在刑民交叉案件中，通常遵循刑事优先原则。即先处理刑事犯罪部分，再处理民事纠纷部分。这是因为刑事犯罪涉及社会公共利益和秩序，需要优先予以保护。
- 在本案中，如果行为人的行为构成刑事犯罪，那么应当先由公安机关立案侦查，检察院提起公诉，法院进行审判。在刑事犯罪得到处理后，再处理房屋使用费等民事纠纷部分。
民事赔偿与刑事处罚的衔接：
- 在刑事犯罪得到处理后，如果房屋所有权人要求行为人支付房屋使用费或承担侵权责任，那么这些民事请求可以通过民事诉讼程序来解决。
- 在民事诉讼中，法院会根据相关证据和法律规定，判决行为人承担相应的民事责任。同时，如果行为人已经因刑事犯罪被判处刑罚（如罚金、没收财产等），那么这些刑罚的执行情况也会影响民事赔偿的判决和执行。
建议：如果您或他人遇到类似情况，建议及时向公安机关报案，以便追究行为人的刑事责任。同时，也可以咨询专业律师，了解如何通过民事诉讼程序来维护自己的合法权益。作为专注于经济纠纷、房产纠纷领域的律师，我愿意为您提供专业的法律咨询和帮助。