针对非法侵入住宅后进行修缮改造以出租牟利的行为，将面临刑事处罚与民事赔偿的双重法律后果，具体处理方式如下：

1. 刑事责任层面
   根据《刑法》第245条，非法侵入他人住宅构成非法侵入住宅罪，处三年以下有期徒刑或拘役。若行为同时伴随暴力、威胁手段，可能数罪并罚。修缮改造行为可能被认定为“以其他方法破坏他人居住安宁”，即使未造成物理损坏，仍构成犯罪既遂。司法实践中，以牟利为目的的侵入行为会被从严认定，量刑时可能作为加重情节。

2. 民事赔偿层面
   根据《民法典》第179条、第238条，权利人可主张：

   • 排除妨碍：要求恢复住宅原状（如拆除违规改造部分）；
     
   • 赔偿损失：包括房屋贬值损失、租金收益损失（按市场价计算）、修缮费用（若改造导致房屋损坏）；
     
   • 精神损害赔偿：若侵入行为造成严重精神痛苦（需举证）。
     

3. 行政处罚补充
   若改造行为违反《城乡规划法》第64条（如未取得建设工程规划许可证），城乡规划部门可责令限期拆除、罚款（工程造价5%-10%），并可申请法院强制执行。此处罚与刑事责任、民事赔偿并行不悖。

实务建议：

• 权利人应立即报警并固定证据（如侵入现场照片、改造前后对比图、证人证言）；
  
• 同步向法院提起刑事附带民事诉讼，避免单独民事诉讼的举证困难；
  
• 若涉及群租房改造，可向当地房管部门举报，触发多部门联合查处机制。
  

此类案件的关键在于证明“侵入行为与牟利目的的关联性”，建议权利人重点收集行为人发布出租信息的截图、租金转账记录等直接证据。如有进一步细节需要分析，可直接向我咨询。