结论：即便现有证据看似足以证明工程款已付，法院仍受理一方提出的司法鉴定并按其结果判决，这背后可能涉及多种法律考量与程序要求，主要包括证据的充分性与证明力问题、司法鉴定的必要性、法院对证据的审查判断以及当事人诉讼权利的保障等。以下是对这些方面的详细分析：
证据的充分性与证明力问题：
- 在法律程序中，证据的充分性和证明力是决定案件走向的关键因素。即使一方提供了看似充分的证据证明工程款已付，但如果另一方提出合理质疑，如认为证据存在瑕疵、不完整或存在伪造可能，法院便可能认为现有证据不足以形成确凿的结论。
- 例如，如果付款凭证上的签名被质疑为伪造，或者付款金额与合同约定不符，法院便可能认为需要进一步查证，从而受理司法鉴定申请。
司法鉴定的必要性：
- 司法鉴定是法院在审理案件过程中，为了查明案件事实，依法委托具有专门知识的人对专门性问题进行检验、鉴别和判断的活动。在工程款纠纷中，如果涉及付款凭证的真实性、付款金额的准确性等专门性问题，法院可能认为有必要通过司法鉴定来查明事实。
- 司法鉴定能够提供更科学、更客观的证据，有助于法院更准确地判断案件事实，从而作出公正的判决。
法院对证据的审查判断：
- 法院在审理案件时，会对双方提供的证据进行全面、客观、公正的审查判断。这包括对证据的真实性、合法性、关联性以及证明力的大小进行评估。
- 如果法院认为现有证据存在疑问或不足以支持某一方的主张，便可能要求进一步提供证据或进行司法鉴定，以确保案件事实的准确查明。
当事人诉讼权利的保障：
- 在诉讼过程中，当事人有权提出自己的主张和证据，也有权对对方的主张和证据提出质疑和反驳。如果一方认为现有证据不足以证明工程款已付，其有权提出司法鉴定申请，以维护自己的合法权益。
- 法院受理司法鉴定申请，也是对当事人诉讼权利的一种保障，体现了诉讼程序的公正性和透明性。
法律建议：
- 对于涉及工程款纠纷的案件，当事人应尽可能提供充分、完整的证据来支持自己的主张。这包括付款凭证、合同、发票等所有与工程款支付相关的文件。
- 如果对方提出司法鉴定申请，当事人应积极配合，并提供必要的协助和说明。同时，也可以对鉴定机构的资质、鉴定程序的合法性等方面提出质疑和反驳。
- 在整个诉讼过程中，当事人应保持与法院的沟通联系，及时了解案件进展情况，并根据法院的要求提供必要的证据和材料。
可能后果：
- 如果司法鉴定结果支持了一方的主张，法院将可能根据鉴定结果作出相应的判决。这可能导致另一方需要承担支付工程款、违约金等法律责任。
- 如果司法鉴定结果无法明确支持任何一方的主张，或者鉴定结果存在争议，法院可能需要根据其他证据和案件事实进行综合判断，并作出相应的判决。
如有任何进一步疑问或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的解答。