若无效工程合同中的折价结算约定违法，合同双方应首先停止依据该违法约定进行结算，并依据法律规定及实际情况重新确定结算方式。具体分析如下：

1. 合同无效的法律后果：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，无效的合同自始没有法律约束力。这意味着合同中的所有条款，包括折价结算约定，均不产生法律效力。
   • 合同无效后，因该合同取得的财产应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。

2. 折价结算约定违法的处理：

   • 停止执行违法约定：既然折价结算约定违法，双方应立即停止依据该约定进行结算，避免进一步扩大损失或引发法律纠纷。
   • 重新确定结算方式：双方应协商确定一个合法、合理的结算方式。如果协商不成，可以依据行业惯例、市场价格或专业评估机构的评估结果来确定结算金额。
   • 考虑过错责任：在确定结算方式时，还应考虑双方在合同无效中的过错程度。如果一方存在故意或重大过失导致合同无效，应承担相应的赔偿责任。

3. 法律途径解决争议：

   • 如果双方无法就结算方式达成一致，或者一方拒绝履行结算义务，另一方可以通过法律途径解决争议。
   • 可以向人民法院提起诉讼，请求法院确认合同无效并判决对方承担相应的法律责任。在诉讼过程中，法院将根据法律规定和案件事实，对结算方式进行裁决。

4. 预防措施与建议：

   • 加强合同审查：在签订工程合同时，双方应加强对合同条款的审查，确保合同内容合法、合规，避免出现违法约定。
   • 明确结算条款：在合同中明确约定结算方式、结算时间等关键条款，以减少争议和纠纷的发生。
   • 寻求专业法律意见：在签订合同或处理合同纠纷时，建议咨询专业律师的意见，以确保自身权益得到充分保障。