结论前置：工厂在员工自离后扣除工资需严格遵循相关法律法规，不得随意克扣。若因员工自离给工厂造成经济损失，可依法从工资中扣除赔偿，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。

一、法律原则与工资支付

1. 劳动者享有取得劳动报酬的权利
   根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。即使员工自离，已提供的劳动仍应获得相应报酬。工厂需按员工实际出勤天数结算工资，并在解除劳动关系时一次性付清。

2. 用人单位可依法代扣费用的范围
   《工资支付暂行规定》第十五条明确，用人单位仅可在以下情形代扣工资：

   • 代扣个人所得税；
     
   • 代扣社会保险费用；
     
   • 法院判决要求代扣的抚养费、赡养费等；
     
   • 其他法律法规规定的代扣项目。
     自离本身不属于法定代扣理由，工厂不得以“自离”为由直接扣减工资。

二、自离工资的合法处理方式

1. 按实际出勤结算工资
   员工自离后，工厂应根据其实际工作天数计算工资。例如，若员工当月工作10天，月工资5000元，则应支付约：
   $\( \text{应发工资} = \frac{\text{月工资}}{\text{月计薪天数}} \times \text{实际出勤天数} = \frac{5000}{21.75} \times 10 \approx 2298 \text{元} \)$
   （注：月计薪天数按《关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知》为21.75天）

2. 经济损失赔偿的扣除限制
   若因员工自离导致工厂损失（如未交接工作造成业务延误、泄露商业秘密等），工厂可通过协商或法律途径追偿，但需遵循以下规则：

   • 每月扣除部分不得超过当月工资的20%；
     
   • 扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
     例如：若员工月工资5000元，当地最低工资标准为2000元，则每月最多扣除：
     $\( \min(5000 \times 20\%, 5000 - 2000) = \min(1000, 3000) = 1000 \text{元} \)$

3. 旷工处理与工资扣除
   若公司规章制度规定旷工达到一定天数可解除劳动合同，且该制度经民主程序制定并已公示，则自离可能被视为旷工。此时：

   • 工厂可依据制度解除劳动合同，但需支付员工实际工作期间的工资；
     
   • 若制度明确规定旷工期间不支付工资，则可扣除旷工日对应的薪酬，但不得克扣其他正常出勤的工资。

三、违法扣除的法律后果

1. 行政责任
   劳动行政部门可责令工厂支付工资及赔偿金（《劳动合同法》第八十五条）。

2. 民事责任
   员工可通过劳动仲裁或诉讼主张工资差额及经济补偿金。

3. 刑事责任
   若构成拒不支付劳动报酬罪，工厂可能被追究刑事责任。

四、实践建议

1. 对工厂：

   • 完善规章制度，明确旷工及自离的处理流程；
     
   • 及时与员工沟通，要求其办理离职手续；
     
   • 通过合法途径追偿损失，避免随意扣薪。

2. 对员工：

   • 尽量通过书面方式提出离职申请，完成交接；
     
   • 如遇工资被扣，保留考勤记录、工资条等证据，向劳动监察部门投诉或通过法律途径维权。

五、维权途径

若员工对自离后的工资结算有异议，可通过以下步骤维权：

1. 协商：与工厂人力资源部门沟通，要求提供扣薪依据；
   
2. 调解：向当地劳动争议调解委员会申请调解；
   
3. 仲裁：调解不成，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；
   
4. 诉讼：对仲裁结果不服，向人民法院提起诉讼。

总结：工厂在员工自离后扣除工资需严格遵循法律限制，员工也应通过合法程序离职以避免纠纷。如有疑问，可直接向我咨询具体法律问题。